Demirel, UfukJoıya, Allah BakhshSaeed, Faısal2024-11-042024-11-042024https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=cr4SkWLaRMhkDRBjqthpsbNuMi92HHD6G4PsKWXAIzrb8SICioKvDUPZ1QgYg4RNhttps://hdl.handle.net/11480/9760Fen Bilimleri Enstitüsü, Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim DalıBakteriyel enfeksiyonlar domates üretimi için önemli bir tehdit unsurudur ve bitkinin biyokimyasal ve moleküler özelliklerini etkiler. Bu çalışma, önde gelen ticari domates çeşitlerinde (Rio-grande, Sazlıca ve Falcon) RNA Polimeraz II (RNAP) C-Terminal Domain Phosphatase-like 3 (SlCPL-3) genlerinin tanımlanmasını ve karakterizasyonunu amaçlamaktadır. 11 ekzondan oluşan SlCPL-3 geni, CPDC ve BRCT olmak üzere iki protein altünitesini kodlar. Bu çalışmada, çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak, tahmine dayalı bir 3 boyutlu yapı ve fosforilasyon potansiyelinin araştırılması gerçekleştirilmiştir. Domateslerdeki mutant gelişimi, Pst DC-3000'i bulaşıcı patojen olarak kullanarak, biyotik stres altında CPL-3 gen ekspresyonunun araştırılmasına olanak sağlamıştır. Çalışmadan elde edilen sonuçlar, bakteriyel stres altında SlCPL-3 geninin aktivasyonunu ve çeşitli zaman aralıklarında artan gen ekspresyonu ortaya çıkarmıştır. Mutant bitkiler, yabanıl tip bitkilerle karşılaştırıldığında daha düşük CPL-3 ekspresyonu sergilemiş; bu durum, biyotik stresle bağlantılı bir markör olan PR-1 geninin giderek azalan ekspresyonuyla tamamlanmıştır. Bu bulgular, CRISPR/Cas9 yöntemiyle CPL-3 genini hedeflemenin, başta bakteriyel patojenler olmak üzere çeşitli biyotik stres faktörlerine karşı bitki direncini arttırma konusunda umut vaat ettiği hipotezini desteklemektedir.Bacterial infections pose a substantial threat to tomato production, impacting the biochemical and molecular attributes of the crop. This study elucidates the identification and characterization of RNA Polymerase II (RNAP) C-Terminal Domain Phosphatase-like 3 (SlCPL-3) genes in prominent commercial tomato cultivars (Rio-grande, Sazlica, and Falcon). Comprising 11 exons, the SlCPL-3 gene encodes two protein domains, CPDCs, and BRCT. Employing various bioinformatic tools, a predictive 3-D structure and an exploration of phosphorylation potential were conducted. Mutant development in tomatoes allowed an exploration of CPL-3 gene expression under biotic stress, utilizing Pst DC-3000 as the infectious pathogen. Results unveiled the activation of the SlCPL-3 gene during bacterial stress, with upregulated expression observed across various time intervals. Mutant plants exhibited diminished CPL-3 expression compared to wild-type plants, complemented by a subsequent reduction in PR-1 gene expression a marker linked with biotic stress. These findings support the hypothesis that targeting the CPL-3 gene through CRISPR/Cas9 holds promise for enhancing crop resilience against bacterial pathogens.eninfo:eu-repo/semantics/openAccessZiraatAgricultureDoctoral Thesis1188859102