Yabani soya (Glycine) türlerinde CenH3 genomik DNA dizilerinin klonlanması
Yükleniyor...
Tarih
2019
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Ökaryotik organizmalarda hayati fonksiyonların sağlanması için gerekli olan hücre bölünmesi sırasında kromozomların doğru olarak ayrışması önemlidir. Bu işlevi kromozomlar üzerindeki sentromerler sağlamaktadır. Her ne kadar sentromerik DNA dizileri evrimsel olarak değişkenlik gösterse de, sentromeri oluşturan histon H3 varyantı olan sentromerik histon H3 (CENH3) proteini korunmuştur. Bu tez çalışmasında farklı soya türlerinde moleküler yöntemlerle CenH3 genomik DNA lokus dizi bilgisi tespit edilmiştir. Bu amaçla farklı soya türlerinin yapraklarından genomik DNA izole edilmiştir. PCR ile CenH3 genine özgü primer çiftleri kullanılarak, toplam CenH3 genomik lokusu çoğaltılmıştır. Çoğaltılan genomik DNA fragmentleri klonlanarak CenH3 genomik lokusunun dizi bilgisine ulaşılmıştır. Biyoinformatik yöntemler ile intron ve ekzon bölgeleri tespit edilerek, tür içi ve türler arasında DNA dizi hizalaması yapılmıştır. Ekzon bölgelerinde daha fazla dizi korunmuşluğu varken, intron bölgelerinde nükleotit uzunluk farkları tespit edilmiştir. Gelecekte soya ıslahında sentromer modifikasyonunu dayanan haploid hatların geliştirilebilmesi için farklı soya türlerinde CenH3 genomik DNA lokus dizi bilgisinin katkı sağlayacağı değerlendirilmektedir.
Proper distribution of chromosomes during cell division is essential for maintaining vital functions in eukaryotic organisms. Centromeres provide such functions on chromosomes. Although centromeric DNA sequences vary evolutionarily, the centromeric histone H3 (CENH3) protein, a variant of the histone H3, is conserved throughout eukaryotes. In this thesis, CenH3 genomic DNA locus sequence information was determined by molecular methods in several soybean species. For this purpose, genomic DNA was isolated from the leaves of different soybean species. The complete CenH3 genomic loci were amplified by PCR using primers specific to the CenH3 gene. The amplified genomic DNA fragments were cloned and the sequence information of the CenH3 genomic locus was obtained. Intron and exon regions were determined by bioinformatics methods and DNA sequence alignment within and between species was performed. Nucleotide length differences were detected in intron regions, while exon regions had greater sequence conservation. In order to develop haploid lines based on centromere modification in soybean breeding, the sequence information of CenH3 genomic DNA locus from different soybean species will contribute significantly.
Proper distribution of chromosomes during cell division is essential for maintaining vital functions in eukaryotic organisms. Centromeres provide such functions on chromosomes. Although centromeric DNA sequences vary evolutionarily, the centromeric histone H3 (CENH3) protein, a variant of the histone H3, is conserved throughout eukaryotes. In this thesis, CenH3 genomic DNA locus sequence information was determined by molecular methods in several soybean species. For this purpose, genomic DNA was isolated from the leaves of different soybean species. The complete CenH3 genomic loci were amplified by PCR using primers specific to the CenH3 gene. The amplified genomic DNA fragments were cloned and the sequence information of the CenH3 genomic locus was obtained. Intron and exon regions were determined by bioinformatics methods and DNA sequence alignment within and between species was performed. Nucleotide length differences were detected in intron regions, while exon regions had greater sequence conservation. In order to develop haploid lines based on centromere modification in soybean breeding, the sequence information of CenH3 genomic DNA locus from different soybean species will contribute significantly.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
CenH3, Genomik DNA, Haploid, Soya, Gen kaynakları, CenH3, Genomic DNA, Haploid, Soybean, Genetic resources
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Yıldırım, B.Ş. (2019). Yabani soya (Glycine) türlerinde CenH3 genomik DNA dizilerinin klonlanması. (Yüksek Lisans Tezi) Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde
