Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Kalmodulin bağlama transkripsiyon faktörü3 (CAMTA3)'ün kuraklık altındaki rolünün Arabidopsis thaliana'da incelenmesi(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2021) Ateş, Dilan; Aksoy, EmreKuraklık, tarımsal üretimde karşılaşılan en önemli abiyotik stres faktörlerinin başında gelmektedir. Kalmodulin tarafından aktifleştirilen ve bu sayede stres tepki genlerinin transkripsiyonunu kontrol eden transkripsiyon faktörlerinin görevleri henüz tam anlaşılamamıştır. Bunlardan biri KALMODULİN BAĞLAMA TRANSKRİPSİYON FAKTÖRÜ3 (CAMTA3)'tür. Bu çalışmada, Arabidopsis thaliana'da bulunan CAMTA3'ün kuraklık tolerans yolağındaki genleri nasıl etkilediği, ayrıca stres düzenlemesinde önemli bir rolü bulunan RNA metabolizma düzenleyicisi CPL1 ile CAMTA3'ün genetik etkileşimi sonucunda bitkilerin tolerans mekanizmasındaki fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler değişimler detaylı bir biçimde incelenmiştir. Çalışmalar sonucunda, camta3 ve camta123456 mutantlarının Col-0 yabanıl tipe kıyasla daha hassas olduğu, camta12456 mutantının ise daha dayanıklı olduğu belirlenmiştir. Buradan anlaşılacağı üzere, CAMTA3 kuraklık toleransı yolağında görev alan genleri pozitif olarak kontrol eder. Ayrıca, camta3cpl1-6 mutantının ise Col-0'a kıyasla daha dayanıklı olduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar ışığında, CPL1'in CAMTA3'ü pozitif olarak kontrol edebileceği ve bu sayede kuraklık tolerans yolağındaki genleri kontrol edebileceği gösterilmiştir. Anahtar Sözcükler: Arabidopsis thaliana, CAMTA3, CPL1, kuraklık stresi, moleküler düzenleme, tolerans mekanizmasıÖğe Research towards elucidation of the complete genome of grapevine deformation virus (GDefV) isolates in Turkey(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Mamedova, Sabına; Serçe, Çiğdem UlubaşBu araştırmada, Nevşehir ve Niğde bağlarında Grapevine deformasyon virüsünün (GDefV) yaygınlığının belirlenmesi ve virüs izolatlarının tüm genom varyasyonunun araştırılması amaçlanmıştır. Nevşehir ve Niğde bağlarından, Haziran-Temmuz 2020'de, toplam 150 adet simptomatik asma örneği toplanmıştır. Test edilen asma örnekleri arasında GDefV genel enfeksiyon oranı %14 olarak belirlenirken, enfeksiyon oranı Niğde'de %18 ve Nevşehir'de %12 olmuştur. Daha önce illumina sekanslama teknolojisi ile sekanslanmış iki asma verisi (örnek 105 ve 107), GDefV'nin tam RNA1 ve RNA2 genomlarını sağlamak için biyoinformatik araçlar olan CLC Genomic Workbench 11 ve Geneious Prime yazılımı ile araştırılmıştır. 105 ve 107 GDefV izolatı RNA2 tam dizileri, sırasıyla referans izolatı GDefV ile %91 ve %90 benzerliği paylaşırken birbiriyle %96 benzerlik göstermiştir. Örnek 105 ve 107 RNA2 sonuç dizilerinde Nepovirüs alt grup A poliproteini, Nepovirüs kılıf proteini domainleri olan N-terminal domain, merkezi domain ve C-terminal domain belirlenerek GDefV RNA2 sonuç dizileri doğrulanmıştır. Elde edilen bilgiler, hem virüs genomik bilgisine hem de asmayı enfekte eden viral ajanlar literatürüne daha fazla GDefV izolatının tam genom bilgisinin eklenmesine katkıda bulunmuştur.Öğe Ascorbic acid content evaluation and regulation in strawberry germplasm(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2023) Alı, Muhammad Nısar; Serçe, SedatAskorbik asit (C vitamini), temel bir besin maddesi olarak giderek daha fazla ilgi görmektedir. Mevcut çalışma, büyüme koşullarının, çeşitlerin ve olgunluk aşamalarının C vitamini içeriği, meyve kimyası ve görünümü ile ilgili karakterleri üzerindeki birleşik etkilerine odaklanmıştır. Açık yetiştiricilik koşullarında üretilen çilekler, C vitamini biyosentezinde tam güneş ışığına maruz kalmanın etkisiyle daha yüksek C vitamini içeriği sergilemiştir. Örtü altı koşulları, meyvelerin daha fazla pigment geliştirmesine, ancak daha az C vitamini biriktirmesine neden olmuştur. Genotipik etkiler önemli bulunmuş ve 'Calinda' çeşidinde organik asit içeriğinin yüksek, ancak meyve eti sertliğin düşük olduğunu belirlenmiştir. 'Sabrina' çeşidi en yüksek meyve eti sertliğini göstermiş; bununla birlikte ticari olarak istenen meyve kalitesi özellikleri ortalamaları düşmüştür. 'Sahra' çeşidi C vitamini ve meyve rengi için en yüksek performansı gösterirken meyve boyutu, ağırlığı, sertliği ve organik asitleri açısından da yüksek bulunmuştur. Çeşitler, büyüme koşulları ve olgunluk aşamaları arasındaki iki yönlü ve üç yönlü interaksiyonlar C vitamini ile ilgili çalışmalarda tek faktörlü, kontrollü, laboratuar deneylerinden ziyade gerçek alanda birleşik etkilerin incelenmesinin önemli olduğunu göstermiştir. Çoklu, büyük ölçekli saha çalışmaları, meyve kalitesinin metabolik düzenlenmesine daha fazla ışık tutabilecektir. Anahtar Sözcükler: Askorbik asit; Organik asitler; Antioksidan; Fragaria; Korumalı; Çevre; ÇeşitÖğe Developing mutants of negative regulator of immune response gene (CPL-3) in tomato using CRISPR/Cas9(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2024) Saeed, Faısal; Demirel, Ufuk; Joıya, Allah BakhshBakteriyel enfeksiyonlar domates üretimi için önemli bir tehdit unsurudur ve bitkinin biyokimyasal ve moleküler özelliklerini etkiler. Bu çalışma, önde gelen ticari domates çeşitlerinde (Rio-grande, Sazlıca ve Falcon) RNA Polimeraz II (RNAP) C-Terminal Domain Phosphatase-like 3 (SlCPL-3) genlerinin tanımlanmasını ve karakterizasyonunu amaçlamaktadır. 11 ekzondan oluşan SlCPL-3 geni, CPDC ve BRCT olmak üzere iki protein altünitesini kodlar. Bu çalışmada, çeşitli biyoinformatik araçlar kullanılarak, tahmine dayalı bir 3 boyutlu yapı ve fosforilasyon potansiyelinin araştırılması gerçekleştirilmiştir. Domateslerdeki mutant gelişimi, Pst DC-3000'i bulaşıcı patojen olarak kullanarak, biyotik stres altında CPL-3 gen ekspresyonunun araştırılmasına olanak sağlamıştır. Çalışmadan elde edilen sonuçlar, bakteriyel stres altında SlCPL-3 geninin aktivasyonunu ve çeşitli zaman aralıklarında artan gen ekspresyonu ortaya çıkarmıştır. Mutant bitkiler, yabanıl tip bitkilerle karşılaştırıldığında daha düşük CPL-3 ekspresyonu sergilemiş; bu durum, biyotik stresle bağlantılı bir markör olan PR-1 geninin giderek azalan ekspresyonuyla tamamlanmıştır. Bu bulgular, CRISPR/Cas9 yöntemiyle CPL-3 genini hedeflemenin, başta bakteriyel patojenler olmak üzere çeşitli biyotik stres faktörlerine karşı bitki direncini arttırma konusunda umut vaat ettiği hipotezini desteklemektedir.Öğe Patatesin (Solanum tuberosum) abiyotik stres tepki mekanizmasındaki MAPK sinyal iletim ağı(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Yerlikaya, Seher; Demirel, UfukAbiyotik stres, tüm bitkilerde olduğu gibi patates içinde önemli verim kayıplarına sebep olmaktadır. Evrimsel olarak korunan ve abiotik stres tepki mekanizmasında da çok önemli bir yere sahip olan MAPK sinyal ağı birçok bitkide çalışılmasına rağmen patates ile ilgili sınırlı çalışma mevcuttur. Tez kapsamında, 1) abiyotik stres ile ilişkili StMAPK'ler belirlenmiş, 2) miRNA'lar ile etkileşimleri ve 3) transkripsyon faktörleri ile etkileşimleri in-siliko olarak incelenmiştir. Elde edilen sonuçlara göre; 4 adet yüksek sıcaklık, 3 adet tuz ve 4 adet kuraklık stresi tepki mekanizmasında görevli muhtemel MAPK sinyal ağı tespit edilmiştir. StMAPKKK16-1/2/3/4/5/6, StRaf1, StMAPKKK4-1/2, StMAPKKK21-1/2, StMKK3-2, StMKK5, StMKK9, StMPK3-2, StMPK4-2, StMPK8-3, StMPK9-2, StMPK16-2, StMPK19-4 ve StbHLH (PGSC0003DMP400016023)'in patates abiyotik stres tepki mekanizmasında aktif görev aldığı saptanmıştır. Elde edilen sonuçlar ile abiyotik stres tepkisinde MAPK sinyal ağı in siliko olarak aydınlatılmıştır. Bu çalışma doğrultusunda elde edilen çıktıların ileride deneysel olarak kanıtlanmasıyla, abiyotik stres tepki mekanizması için oldukça önemli olan MAPK sinyal iletim ağı kesin olarak aydınlatılmış olacaktır.Öğe Investigation of the origin of ottoman strawberry by molecular markers(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Gers, Ahsen; Serçe, Sedat'Osmanlı' çileği, açık pembe rengi ve oval görünümü ile eşsiz bir aroma ve mükemmel bir tada sahiptir. Günümüzde meyve kalite kriterleri üzerine yapılan çalışmalar, tatlılığı ve aroması nedeniyle 'Osmanlı' üzerine odaklanmıştır. 'Osmanlı' çileğinin germplazm olarak kullanılma potansiyeli olmasına rağmen, kökeni hakkında herhangi bir bilgi bulunmamaktadır. Çalışmanın amacı, iPBS markörleri ile 'Osmanlı' çileğinin kökenini araştırmaktı. 'Osmanlı', üç melezi 1-1 ('Ottoman x Festival), 2-2 ('Ottoman' x Sabrina) ve 3-1 ('Ottoman'x Amiga); F. vesca, 'Kaşka', 'Sevgi', 'Arnavutköy', 'Amiga', 'Festival', 'Sabrina', 'Camarosa', 'Sweet Ann', 'Fortuna', 'Rubygem' ve 'San Andreas' çeşitleri çalışmada yer aldı. 10 primerden 191 bant kaydedildi ve bunların 187'si polimorfikti. Polimorfik bant oranı ortalaması %99.47, PIC değeri ortalaması ise 0.48 olarak hesaplanmıştır. Araştırma sonucunda elde edilen dendrogramda 'Ottoman', 'Hybrid 2-2', 'Amiga' ve 'Camarosa' birbirine daha yakın bulundu.Öğe Meusnier küresi(Niğde Üniversitesi, 2005) Tokeşer, Ümit; Kılıç, Adil; Hacısalihoğlu, HilmiÖZET MEUSNIER KÜRESİ TOKEŞER, Ümit Niğde Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Matematik Ana Bilim Dalı Danışman : Prof. Dr. Adil KILIÇ İkinci Danışman : Prof. Dr. H. Hilmi HACISALİHOĞLU Mayıs 2005, 75 sayfa JD-Modülde birim dual küre üzerindeki çemberlerin STUDY dönüşümleri Prof. Dr. H. Hilmi HACISALİHOĞLU tarafından incelenmiştir[3]. Tezde Meusnier küresi, birim küre yüzeyi için Meusnier teoremi yardımıyla elde edilmiştir. Elde edilen sonuçlar ile E. STUDY dönüşümü kullanılarak birim dual küre üzerindeki bir eğrinin Meusnier küresi bulunup, bu küre üzerindeki Meusnier teoreminin sonuçlan çizgiler uzayında ifade edilmiştir. Anahtar Sözcükler: Meusnier Küresi, Çizgiler Uzayı, Eğrilik Çemberi, Kongrüans. mÖğe Overexpression of jaburetox 2-Ec in potato (Solanum tuberosum L.)(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Tekinsoy, Merve; Çalışkan, Mehmet EminBu çalışmada patates bitkisinde Jaburetox 2-Ec peptidinin ifadesinin artırılarak Tuta absoluta zararlısına karşı dirençli transgenik patates genotiplerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, 35S promotoru kontrolündeki hedef peptit dizisini içeren gen kaseti, Agrobakterium-aracılı gen transferi yöntemiyle Lady Olympia çeşidine aktarılmıştır. Deney yürütülürken bitkinin yaprak ve interned kısımları kullanılarak Agrobakterium (EHA 105) ile enfeksiyon sağlanmıştır.Transgenik bitki ve bakteri seçici markörü olarak 50 mg L-1 konsantrasyonlu Neomisin fosfotransferaz (nptII) geni kullanılmıştır.Yapılan moleküler analizler sonucunda hedef diziyi içeren T-DNA bölgesinin bitki genomuna entegre olduğu gösterilmiştir. Ardından yaprak besleme yöntemi ile transgenik bitkilerin ikinci, üçüncü ve dördüncü evre Tuta absoluta larvalarına karşı direnci test edilmiştir. Sonuçta transgenik bitkilerle beslenen larvalarda, larval döneme bağlı olarak 11-33 % arasında ölüm oranı tespit edilmiştir. Ayrıca control bitkilerle beslenen larvalarda ağırlık artışının transgenik bitkilerle beslenen larvalara kıyasla daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Bu tez çalışması sonucunda, Jaburetox 2-Ec' nin Tuta absoluta zararlısına karşı insektisidal aktiviteye sahip olduğu, ancak bu etkinin doğrulanması açısından daha fazla araştırmaya ihtiyaç olduğu sonucuna varılmıştır.Öğe Varyasyon problemlerinin çözüm metotları üzerine(Niğde Üniversitesi, 2001) Somuncuoğlu, Aslıhan; Mustafayev, MammadÖZET VARYASYON PROBLEMLERİNİN YAKLAŞIK ÇÖZÜM METOTLARI ÜZERİNE SOMUNCUOĞLU, Aslıhan Niğde Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Matematik Ana Bilim Dalı Danışman : Prof. Dr. Mammad I. MUSTAFAYEV Ocak 2001, 63 sayfa Bu çalışmada varyasyon problemlerinin yaklaşık çözüm metotları incelenmiştir. Önce varyasyon problemlerinin klasik yöntemleri araştırılmış, birçok varyasyon problemleri için Euler-Lagrange denklemleri yazılmıştır. Daha sonra ise varyasyon problemlerinin yaklaşık çözüm metotları olan Euler-Sonlu Farklar, Ritz, Kantoroviç metotları incelenmiş ve bunların uygulanması ile ilgili örnekler çözülmüştür. Bu tezde ayrıca bu yöntemlerle çok sıkı ilişkisi olan denklemlerin yaklaşık çözümü için Galyorkin yöntemi de incelenmiştir. Yukarıda adı verilen metotların uygulanabilmesi için şartlar araştırılmıştır. Aynı zamanda fonksiyonel denklemlerin de yaklaşık çözümünün bulunması için Ritz metodunun uygulanması verilmiştir. Anahtar Sözcükler: Fonksiyonel, Fonksiyonelin Varyasyonu, Euler-Lagrange Denklemleri, Ritz Metodu. iiiÖğe Comparison of development and physiology of Deschampsia Antarctica ecotype collection grown in two different temperatures(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2024) Avezbayeva, Ykbal; Öztürk, Zahide NeslihanDeschampsia Antarktika E. Desv. veya Antarktika saç otu, Antarktika'nın karasal ekosistemlerinde yetişen Poaceae familyasına ait çok yıllık bir bitkidir. Antarktika saç otu, Antarktika'nın zorlu iklim koşullarında hayatta kalmayı ve üremeyi sağlayan benzersiz uyarlanabilir yeteneklere sahip olması nedeniyle, biyolojinin çeşitli alanlarında çalışan bilim adamlarının dikkatini sürekli olarak çekmektedir. Bitkiler 0,5 ila 25 cm yüksekliğinde büyüyebilir. Genç sürgünler bir kabuk içine alınır ve yapraklar doğrusal yaprak bıçaklarıyla sapsızdır. D.antarktika, 35-40 yıla kadar ömrü olan doğru şekle sahip klonlar oluşturabilir. Eski bitkilerin yaşlanması ve ölümü genellikle klonun orta kısmında görülür ve bitki yeni bir yerde kök saldığında yeni bir klonun oluşum döngüsü başlar (Alberdi ve Corcuera, 1991; Lewis Smith, 2003 ve ark. ,). Sıcaklık, bitki gelişim hızını etkileyen ana faktördür. Bravo ve arkadaşlarının laboratuvar çalışmaları. (2001), D.antarktika'nın soğuğa alışmaya karşı iyi gelişmiş bir tepkiye sahip olduğunu ve önemli hücre hasarının yalnızca donduklarından önemli ölçüde daha düşük sıcaklıklara maruz kalan bitkilerde meydana geldiğini göstermiştir. Cortez-Antiquera ve arkadaşları tarafından yapılan bir başka çalışma. (2021) ile D. antarktika, in vitro yetiştirilen bitkilerin 23 ve 35 ° C'de ısı şoku koşullarını tolere edebildiğini gösterdi. İklim değişikliğine bağlı olarak beklenen sıcaklık artışı ve daha aşırı sıcaklık olayları potansiyeli bitki verimliliğini etkileyecektir ve çeşitli çalışmalar sıcaklığın bitki büyümesi ve fizyolojisi üzerindeki etkisini araştırmıştır. Bu bağlamda, iklim odalarında yetiştirilecek olan D. antarctica bitkilerinin büyüme, fizyoloji ve morfolojisi üzerindeki etkisini karşılaştırmayı amaçlıyoruz. Özellikle, 12°C ve 22°C gibi farklı sıcaklıklarda yetiştirilecek bitkilerin bu Arktik bitkinin artan sıcaklıklara yanıtını anlamak ve departmanımızda koruduğumuz koleksiyonu tanımlamak için bir arka plan sağlamayı hedefliyoruz.Öğe The response of some miRNAs in potato to combined abiotic stress(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2021) Asım, Arslan; Demirel, UfukPatates (Solanum tuberosum L.), yüksek besin değeri ve zengin içeriği ile önemli bir besin kaynağıdır. Abiyotik stres koşulları, özellikle kuraklık ve ısı, büyümesini etkileyen ana faktörlerdir. Kombine stres faktörleri, bireysel stres faktörlerine kıyasla daha olumsuz etkilere neden olur. MikroRNA'lar (miRNA'lar) stres koşullarına karşı savunmacı bir şekilde başa çıkmak ve mahsul üretimini artırmak için ana oyuncular olarak kabul edilir. MiRNA'nın aşırı ekspresyonu, stres koşulları sırasında miRNA'nın rolünü araştırmak için etkili bir araçtır. Mevcut çalışma, kuraklık altında strese duyarlı miRNA'ların (miRNA novel 8, miR156d-3p ve miR172b-3p) ve hedef genlerinin (fotosistem II çekirdek kompleks proteinleri, fosfolipid taşıyan ATPaz ve ERTF RAP2-7 benzeri) işlevlerini anlamayı amaçlamaktadır. Strese dayanıklı bir patates çeşidi olan Unica'da miRNA'ları aşırı ifade ederek ısı ve kuraklık + ısı. Fizyo-biyokimyasal analizle birlikte, miRNA'ların ve hedef genlerinin ekspresyon seviyesini analiz etmek için RT-qPCR ile moleküler analiz yapıldı. Tüm transgenik çizgiler, miRNA'ların aşırı ekspresyonu ve hedef genlerinin aşağı regülasyonu ile farklı stres koşullarına karşı farklı tepki gösterdi. Sonuç olarak, mevcut çalışma, strese duyarlı miRNA'ların aşırı ekspresyonu nedeniyle patatesteki değişiklikleri ortaya çıkardı.Öğe Tohumluk patates üretiminde farklı irilikteki mini yumrular için dikim sıklığının optimizasyonu(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2024) Onaran, Ali; Çalışkan, Mehmet EminÖn elit kademe tohumluk patates üretiminde farklı irilikteki mini yumrular için tarımsal ve ekonomik açıdan en uygun dikim sıklığının belirlenmesi amacıyla yapılan bu çalışma, 2019 ve 2020 yıllarında Konya ilinde Konya Şeker A.Ş.'nin tohumluk patates üretim alanında (38.26° N 32.40° E) yürütülmüştür. Bölünen Bölünmüş Parseller Deneme Desenine göre üç tekerrürlü olarak kurulan denemelerde Lady Olympia ve Russet Burbank çeşitlerine ait üç farklı irilikteki (<20.0 mm, 20.1-25.0 mm, >25.1 mm) mini yumrular, beş farklı sıra üzeri mesafesinde (10, 14, 18, 22 ve 26 cm) dikilmiştir. Araştırmada uygulamaların morfolojik ve tarımsal özellikler üzerine etkileri incelenmiş, yumru iriliklerine göre dikim sıklığının optimizasyonu için yumru verimi açısından elde edilen verilerin ekonomik analizi yapılmıştır. Her iki yılda da en yüksek verim ve net gelir çeşitlerin büyük (>25.1 mm) yumrularının sırayla 10 cm ve 14 cm sıklıklarla dikilmesi sonucu edilmiştir. En yüksek fayda maliyet oranları (BCR) Lady Olympia çeşidinde büyük (>25.1 mm) yumruların 22 ile 26 cm dikim sıklığından Russet Burbank çeşidinde ise 18 ile 22 cm dikim sıklığından elde edilmiştir. Bu çalışmanın, tohumluk patates üreticileri ve ön elit tohumluk üretimi için faydalı ve uygulanabilir sonuçları vardır.Öğe Kontrol problemlerinde varyasyon metodları(Niğde Üniversitesi, 2001) Altıntaş, Güngör; Mustafayev, MammadÖZET KONTROL PROBLEMLERİNDE VARYASYON METOTLARI ALTINTAŞ, Güngör Niğde Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Matematik Anabilim Dalı Danışman : Prof. Dr. Mammad İ. MUSTAFAYEV Ocak 2001, 70 sayfa Sistem teorisinde bir çok optimal kontrol problemleri varyasyon problemi olarak yazılabilir ve matematiksel programlama teorisinde bilinen L.S. Pontryag'nin maksimum prensibinin veya R. Bellman' in dinamik programlama metodunun uygulanması ile kolayca çözülebilir. Ancak bu problemlerin bir kısmım basit metotlarla, sistemin hareket denkleminin lineer olmasını durumun kontrol vektörleri üzerine konulan şartların ve optimallık kriterlerinin bazı basit özelliklerinden yararlanarak çözmek ilgi çekicidir. Bu çalışmada, optimal kontrol problemlerinin bir geniş sınıfının klasik varyasyon hesabının metotları ile çözülebildiği gösterildi. Şartlı optimal kontrol problemlerinin bir sınıfı, Lagrange çarpanlar metodunun uygulanması ile şartsız optimal kontrol problemi haline getirildi ve optimal kontrol için bir denklem ve bazı hallerde açık bir formül verildi. Lineer sistemlerin bir sınıfı için lineer kriterli optimal kontrol problemi tam olarak, optimizasyon teorisinde bilinen Neumann-Pirson lemmasının çözümüne getirildi. Anahtar Kelimeler : Fonksiyonel, fonksiyonelin ekstremumu, fonksiyonelin varyasyonu, optimal kontrol.Öğe Korunga (Onobrychis viciifolia Scop.) sentromerik heterokromatin bileşenlerinin biyoinformatik, moleküler ve sitogenetik yöntemlerle analizi(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Öztürk, Sevim Döndü Kara; Tek, Ahmet LatifSentromer bölgesi, tekrarlayan DNA elementlerini ve sentromere özgü histon H3 (CENH3) proteinini içermektedir. Sürdürülebilir tarım açısından önemli olan korunga (Onobrychis viciifolia) bitkisi tetraploid (2n=4x=28) yabancı döllenen çok yıllık bir baklagil yem bitkisidir. Bu çalışmada korunga bitkisine özgü beş CENH3 varyantı saptanmıştır ve OvCENH3-? ve OvCENH3-? olmak üzere iki grup altında ifade edilmiştir. Ayrıca sf180, sf169, sf176 ve sfdimer satelit DNA tekrar elementlerinin biyoinformatik, moleküler ve sitogenetik yönden karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Çalışma sonucunda sf180 ve sf169 elementlerinin OvCENH3 proteini ile interaksiyonda olduğu saptanmıştır. Sf176 ve sfdimer elementlerinin ise sentromer, subtelomer ve interstitial bölgelerde sinyaller verdiği gözlemlenmiştir. Bu tez çalışması sonucunda korunga sentromerik heterokromatin bölgesinin şimdiye kadar en kapsamlı ve çok yönlü karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Tez çalışmasının çıktıları taksonomik çalışmalar ve sentromer mühendisliği aracılığıyla kromozom eliminasyonu temelli haploid bitki elde etme çalışmaları için evrensel ve özgün bir bilgi altyapısı sunmaktadır.Öğe Day-length responses determination of onion germplasm in the Yalova gene pool during bulbing period(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Dönmez, Reyhan; Gökçe, Zahide Neslihan ÖztürkSoğan (Allium cepa L.), Dünya'da ve Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan ve bizler için de oldukça önemli bir bitkidir. Yetiştiriciliği farklı yöntemlerle yapılabilir. Bu yöntemlerden ilki, soğan tohumunun doğrudan ekimiyle yapılandır. Bu yöntem en ekonomik yöntemdir. Bir diğer yöntem, arpacıkla (kıska) yapılan yetiştiriciliktir. Bu yöntem taze soğan yetiştiriciliğinde tercih edilir. Son yöntem ise, fide kullanılarak yapılan yetiştiriciliktir. Bu yöntem de baş soğan üretiminde tercih edilir. Soğanda baş oluşumunu etkileyen birçok faktör vardır. Bunlar sıcaklık, ışığın yoğunluğu ve kalitesi, bitkinin yeşil aksam gelişimi, ekim sıklığı, sulama ve bitki besleme durumu, gün uzunluğu vb. Bu faktörler içinde baş oluşumu için en önemlisi gün uzunluğudur. Bitkiler ihtiyaç duydukları gün uzunluklarına göre kısa (10-12 saat), orta (12-14 saat) ve uzun (14-16 saat) gün soğanı olarak gruplandırılır. Bu çalışmada Yalova soğan gen havuzundaki soğan genotiplerinin Kasım ayında tohum ekimi yapılarak fideler elde edildi. Daha sonra fideler baş oluşturma durumları gözlemlenmek üzere araziye şaşırtıldı. Baş oluşumu iyi görülen genotiplerin kısa gün bitkileri olduğu belirlendi. Soğan baş yetiştiriciliğinde kullanılacak genotiplerin gün uzunluğu isteklerini bilmek, en iyi verim için gerekli olan doğru ekim tarihinin ve yetiştiricilik için en uygun iklimin belirlenmesini sağlayacaktır. Anahtar sözcükler: Allium cepa L., Soğan Baş Oluşumu, Gen Havuzu, Gün Uzunluğu (Fotoperiyodizm)Öğe Evaluation of genetic diversity of cotton genotypes (Gossypium hirsutum L.) using iPBS marker system(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Yeşil, Binnur; Demirel, Ufuk; Bakhsh, AllahSon yıllarda filogenetik analizlerde retrotranspozon moleküler markörler etkili bir biçimde kullanılmaktadır. Bu çalışmada yerli ve yabancı orijinli 179 pamuk genotipi LTR retrotranspozonlara dayalı inter-Primer Binding Site (iPBS) markör tekniği ile genetik çeşitliliğini değerlendirmek için analiz edilmiştir. İlk olarak polimorfizmleri belirlemek için 32 iPBS primeri kullanılarak 8 genotip taranmıştır. Çalışmanın devamında bu primerler arasından 7 tanesi ürettiği polimorfik bantlar nedeniyle seçilmiştir. Çalışmada kullanılan 7 iPBS primeri toplam 133 skorlanabilir bant oluşturdu ve elde edilen 133 banttan 128'i polimorfizm gösterdi. Ortalama polimorfik bant sayısı primer başına 18.28 olup, 16 ile 21 arasında değerler almıştır. 179 genotipin genetik çeşitliliği ve moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi için kullanılan 7 iPBS retrotranspozon primerinin ortalama polimorfizm oranı %96.28 olarak hesaplanmıştır. Polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri ise 0.31 ile 0.46 arasında değişmektedir. Bu sonuçlar ışığında, Türkiye ve yabancı orijinli pamuk genotiplerinin çeşitlilik açısından, zengin bir genetik kaynağa sahip oldukları belirlenmiştir. Anahtar Sözcükler: Pamuk (Gossypium hirsutum L.), moleküler markörler, moleküler karakterizasyon,filogenetik analiz, retrotranspozonlar, iPBSÖğe Investigation of the repetitive DNA elements in the genome of mungbean (Vigna radiata)(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Karalar, Didem; Tek, Ahmet LatifMaş fasulyesi (Vigna radiata L. Wilczek) tek yıllık, sıcak mevsim baklagilidir ve insanlar için iyi bir besin kaynağıdır, 22 kromozomlu diploid bir bitkidir (2n=2x=22) ve genom boyutu 579 Mbp'dir. Tekrarlayan DNA dizileri, evrimsel bir role sahip olup bitkilerin genom boyutlarındaki varyasyonunun birincil kaynağıdır ve nükleer DNA'nın yaklaşık %97'sini oluştururlar. Maş fasulyesinde bu dizilerin karakterizasyonu, kültüre alınmış ve yabani üyeleri ile geniş gen kaynaklarına sahip olan Vigna türlerinin farklı çevresel koşullara adaptasyonuna, genom içi ilişkilerinin aydınlatılmasına, yeni çeşitlerin geliştirilmesine ve ıslah için markörlerin kullanımına katkı sağlamaktadır. Bu tez çalışması kapsamında maş fasulyesi genom yapısının dinamiklerine ışık tutmak ve ıslah uygulamalarına yardımcı olmak amaçlanmaktadır. Literatürde maş fasulyesi ile ilgili sınırlı sayıda sitogenetik ve moleküler çalışma olması nedeniyle, tekrarlayan DNA elementlerinin biyoinformatik yöntemlerle tanımlanması ve analizi, özel tasarlanmış primerler ile klon temelli analizleri ve FISH ile kromozomlar üzerinde haritalanması yapılmıştır. Maş fasulyesi genomunda ilk kez Vr29 ve Vr180 isimli, tekrarlayan DNA dizileri bildirilmiş ve onların kromozomal lokasyonları belirlenmiş. Bu tez çalışmasının bulguları ıslah ve genom analizi çalışmalarında önemli bir rol oynayacaktır.Öğe Priştina kent merkezi hava kalitesi ile taşıt trafiği kaynaklı hava kirliliği emisyon tahminlerinin karşılaştırılması(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2024) Salıhu, Flamur; Demir, Assocıate Yusuf KağanBu çalışma, Priştine kenti taşıt emisyonlarını tahmin etmek için veri toplanma, işleme ve modelleme çalışmalarını içermektedir. İlk aşamada, beş farklı taşıt ve dokuz sürücülerden OBD cihazları kullanılarak saniye bazlı hız ve konum verileri toplanmıştır. Toplanan veriler temizlenmiş, hatalı veriler çıkarılmıştır. Ardından geliştirilen ardışık üç nokta algoritması ile mikro-yolculuklar belirlenmiş ve k-means kümeleme yöntemi ile sınıflandırılmıştır. Bu yolculuklardan 1780 saniyelik bir sürücü çevrimi oluşturulmuştur. Analiz sonuçlarına göre, Priştine sürücülerinin Avrupa standart sürücü çevrimlerine kıyasla daha agresif taşıt kullandıkları görülmüştür. Ayrıca dönel kavşaklarda ortalama hızların diğer kavşak türlerine göre daha yüksek olduğu tespit edilmiştir. Priştine kentindeki kayıtlı 55498 taşıt 2020 yılı baz alınarak MOVES modeli ve Monte-Carlo simülasyonu kullanılarak emisyon tahmini için kullanılmıştır. Sürücü çevrimine dayalı modele göre ortalama otomobil başına emisyonlar; CO için 48 g, HC için 1.22 g ve NOx için 2.32 g bulunmuştur. SUMO yazılımına bütünleştirilen MOVES modelinde ise bu değerler sırasıyla 43 g, 0.81 g ve 1.84 g olarak tahmin edilmiştir. HBEFA4 modelinin ise CO ve HC değerlerini oldukça düşük tahmin ettiği görülmüştür. Sonuç olarak, gelişen motor teknolojilerine sayesinde artan trafiğe rağmen emisyon seviyelerinin aynı kaldığı bulgusuna ulaşılmıştır.Öğe Identification of physiological and biochemical traits related to high tuber yielding in potato under drought conditions(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2023) Ahsan, Saad; Demirel, UfukPatates değerli bir gıda ürünüdür ve büyümesini, verimini ve kalitesini etkileyen kuraklık stresi gibi birçok faktör vardır. Bu nedenle, kurak koşullarda patateslerde yüksek yumru verimi ile ilgili fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerin belirlenmesine yönelik bir çalışma yapılmıştır. Kuraklık ve kontrol koşullarında 9 adet yüksek verimli, 9 adet orta verimli ve 7 adet düşük verimli olmak üzere toplam 25 adet patates genotipi kullanılmıştır. Yumrular saksılara ekilmiş ve yumru oluşum aşamasında kontrol ve kuraklık olmak üzere iki gruba ayrılmış ve bitkilere 12 gün ara sulama ile kuraklık uygulanmıştır. Deneme iki kez gerçekleştirilmiş ve normal ve kurak koşullarda farklı patates genotiplerinin (yüksek verimli, orta verimli ve düşük verimli genotipler) Biyokimyasal özellikleri, fizyolojik parametreleri ve enzimatik aktivitelerine ilişkin veriler belirlenmiştir. Sonuçlar, kuraklık koşullarında tüm genotiplerde MDA, prolin, SOD, POD ve APX içeriklerinin arttığını göstermiştir. CAT, RWC, Fotosentez hızı, terleme hızı ve stoma iletkenliği ve yumru verimi, kuraklık koşullarına kıyasla kontrol koşullarında önemli ölçüde daha yüksekti. Klorofil içeriği ve yaprak sıcaklığı hem normal hem de kurak koşullarda önemli ölçüde etkilenmemiştir.Öğe Effect of abiotic stress application on bulb yield in GAF-MTN long day onion breeding lines(Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, 2022) Taıngzunaaloung, Francis; Gökçe, Ali FuatBu tezde, abiyotik stresin verim üzerine etkisini belirlemek için yirmi uzun gün soğan ıslah hattı kullanılmıştır. Tuz, kuraklık ve birleşik tuz ve kuraklık stresi soğan bitkilerinin baş bağlamaya başladığı aşamasında uygulanmış ve 20 gün boyunca devam etmiştir, kontrol grubu ise normal olarak sulanmıştır. Daha sonra tüm bitkiler normal şekilde sulanmıştır. Hasat edilen soğanların baş soğan ağırlığı, yüksekliği ve çapı ölçülmüştür. Her bir genotipin her muamelesi için çatal ve çürük baş soğan sayısı kaydedilmiştir. Baş soğan boyutu parametrelerinin analizinde, on ıslah hattı için her bir genotipin kontrol ve stresli grupları arasında yapılan karşılaştırmalarında önemli bir fark olmadığı görülmüştür. Islah hatlarından U2, U9, U23 ve U29, tüm baş soğan boyutu parametreleri için tüm stres koşullarına toleranslı bulunurken, U11, U17, U44 ve U57 en hassas genotipler olmuştur.
