Identification of tissue, developmental stage and stress response specificity of WRKY transcription factor family

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorÖztürk Gökçe, Zahide Neslihan
dc.contributor.authorKarakaş, Esra
dc.date.accessioned2021-08-17T12:18:20Z
dc.date.available2021-08-17T12:18:20Z
dc.date.issued2019
dc.date.submitted2019-07
dc.departmentNiğde ÖHÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractWRKY transkripsiyon faktör ailesi bitkilerde stres faktörlerinin etkili olduğu durumlarda önemli role sahip olan en büyük protein ailelerinden biridir. Bu transkripsiyon faktörü ailesi özellikle bitkilerde stres faktörlerine maruz kalındığı durumlarda protein fonksiyonlarının kaybolmaması adına oldukça önemlidirler. Bu tezde seçilmiş olan 3 monokot ve 1 dikot olmak üzere toplamda dört bitkideki (Arabidopsis thaliana, Zea mays, Oryza sativa subsp. japonica ve Brachypodium distachyon) WRKY genleri belirlenmiş ve kuraklık, tuzluluk ve sıcaklık koşulları gibi başlıca abiyotik stres faktörleri altında ve bitkilerin farklı gelişim evrelerinde WRKY transkripsiyon faktörlerinin ifadelenme düzeyleri biyoinformatik yöntemler kullanılarak tespit edilmiştir. Her bitki için ayrı ayrı filogenetik ağaçlar oluşturulmuş, kromozomlar üzerinde WRKY genlerinin yerleri ve korunmuş bölgeleri belirlenmiş, yapılan in silico çalışmalarla ayrıca gen yapısı (ekzon/intron), gen ontolojisi ve hedef miRNA'lar tespit edilerek WRKY proteinlerinin annotasyonu amaçlanmıştır.
dc.description.abstractThe WRKY transcription factor family is one of the largest protein families that has an important role in stress. Especially in plants they have a crucial importance to maintain the protein functions in situations where plant exposed to stress factors. In this study, in four plants selected as 3 monocots and 1 dicot, Arabidopsis thaliana, Zea mays, Oryza sativa subsp. japonica and Brachypodium distachyon, WRKY genes were identified and changes in WRKY transcription under different abiotic stress factors such as drought, salinity and temperature conditions were investigated. The expression levels of the factors were determined using bioinformatics methods. Phylogenetic trees were created for each plant separately, the location and conserved regions of WRKY genes on chromosomes were determined, gene structure (exon / intron), gene ontology and target miRNAs were determined and annotation of WRKY proteins was aimed with these in silico studies.
dc.identifier.citationKarakaş, E. (2019). Identification of tissue, developmental stage and stress response specificity of WRKY transcription factor family. (Yüksek Lisans Tezi) Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11480/7761
dc.identifier.yoktezid573245
dc.language.isoen
dc.publisherNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectAbiyotik stres
dc.subjectBiyoinformatik
dc.subjectWRKY
dc.subjectTranskripsiyon faktörleri
dc.subjectAbiotic stress
dc.subjectBioinformatics
dc.subjectWRKY
dc.subjectTranscription factors
dc.titleIdentification of tissue, developmental stage and stress response specificity of WRKY transcription factor family
dc.title.alternativeWRKY transkripsiyon faktör ailesinin doku, büyüme evresi ve stress cevabı açısından özgünlüğünün tanımlanması
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Identification of tissue, developmental stage and stress response specificity of WRKY transcription factor family.pdf
Boyut:
8.34 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu