Testing promising genes for pre-selection for drought tolerance in potato
Küçük Resim Yok
Tarih
2018
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
Özet
Solanum tuberosum L. is sensitive to drought mainly due to its fibrous root system. Drought episodes and high temperature may cause yield reduction up to 30%. A breeding approach to increase the tolerance of potato to drought stress requires a long time, quite laborious and expensive, mainly due to limitations to create a controlled drought treatment in the field conditions, high heterozygosity nature of the plant and genotype X environment (G X E) interaction. Therefore the purpose of this research was to investigate the possibility of using the expression of genes for pre-selection of drought tolerant potato cultivars under controlled condition. For that purpose, we analyzed next generation sequencing results of Unica (tolerant) and Russet Burbank (sensitive) potato cultivars to 23 days of drought stress and selected genes with contrasting expression levels under stress/control conditions. Control expression levels of five selected promising genes (plastidial pyruvate kinase 4, cryptochrome-2,cytosolic L-ascorbate peroxidase 1, early responsive to dehydration 15 and gibberellic acid-stimulated transcript 1) verified with real time PCR (qRT-PCR) were tested on 47 independent potato genotypes (20 were high yielding, 6 middle yielding and 19 low yielding) with defined drought tolerance index evaluated in an independent field drought experiment to test their efficiency in pre-selection of drought tolerance potential using a simple RT-PCR approach.
Solanum tuberosum L. saçak köklü olduğundan kuraklıktan çok fazla etkilenir. Kuraklık ve yüksek sıcaklık %30'a varan verim kayıplarına neden olabilir. Islah yardımıyla patatesin kuraklık stresine karşı toleransını artırmak oldukça pahalı, zaman alan ve yorucu bir süreçtir özellikle arazi koşullarında kontrollü ortamın sağlanamaması, yüksek heterozigotluk ve genotip x çevre (GXE) etkileşimi gibi durumlardan oldukça etkilenmektedir. Bu çalışmanın amacı, kontrollü koşullarda yetiştirilen kuraklığa dirençli patates çeşitlerinin ön seçimi için gen ifadelerinin kullanılma olasılığını araştırmaktır. Bu amaçla 23 gün kuraklık stresine maruz kalan Unica (dayanıklı) ve Russet Burbank (hassas) patates genotiplerinin yeni nesil sekanslama sonuçları ile stress/control koşulları altında zıt ifadeler gösteren genlerin analizleri karşılaştırılmıştır. Gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR) ile seçilen beş genin (plastidial pyruvate kinase 4,cryptochrome-2, cytosolic L-ascorbate peroxidase 1, early responsive to dehydration 15 ve gibberellic acid-stimulated transcript 1) ifadeleri tespit edildi ve aynı zamanda RT-PCR kullanılarak bu genlerin 47 bağımsız patates genotipinde (20'si yüksek verimli,6'sı orta verimli, 19 tanesi yüksek verimli) tanımlanmış kuraklık toleransı endeks değerleri hesaplanarak kuraklığa toleranslı genotiplerin ön seçiminde etkili olupolmadığına bakıldı.
Solanum tuberosum L. saçak köklü olduğundan kuraklıktan çok fazla etkilenir. Kuraklık ve yüksek sıcaklık %30'a varan verim kayıplarına neden olabilir. Islah yardımıyla patatesin kuraklık stresine karşı toleransını artırmak oldukça pahalı, zaman alan ve yorucu bir süreçtir özellikle arazi koşullarında kontrollü ortamın sağlanamaması, yüksek heterozigotluk ve genotip x çevre (GXE) etkileşimi gibi durumlardan oldukça etkilenmektedir. Bu çalışmanın amacı, kontrollü koşullarda yetiştirilen kuraklığa dirençli patates çeşitlerinin ön seçimi için gen ifadelerinin kullanılma olasılığını araştırmaktır. Bu amaçla 23 gün kuraklık stresine maruz kalan Unica (dayanıklı) ve Russet Burbank (hassas) patates genotiplerinin yeni nesil sekanslama sonuçları ile stress/control koşulları altında zıt ifadeler gösteren genlerin analizleri karşılaştırılmıştır. Gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR) ile seçilen beş genin (plastidial pyruvate kinase 4,cryptochrome-2, cytosolic L-ascorbate peroxidase 1, early responsive to dehydration 15 ve gibberellic acid-stimulated transcript 1) ifadeleri tespit edildi ve aynı zamanda RT-PCR kullanılarak bu genlerin 47 bağımsız patates genotipinde (20'si yüksek verimli,6'sı orta verimli, 19 tanesi yüksek verimli) tanımlanmış kuraklık toleransı endeks değerleri hesaplanarak kuraklığa toleranslı genotiplerin ön seçiminde etkili olupolmadığına bakıldı.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Jameel, S. (2018). Testing promising genes for pre-selection for drought tolerance in potato. (Yüksek Lisans Tezi) Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde
