Evaluation of genetic diversity of cotton genotypes (Gossypium hirsutum L.) using iPBS marker system

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorDemirel, Ufuk
dc.contributor.advisorBakhsh, Allah
dc.contributor.authorYeşil, Binnur
dc.date.accessioned2024-11-04T20:08:55Z
dc.date.available2024-11-04T20:08:55Z
dc.date.issued2022
dc.departmentNiğde ÖHÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
dc.descriptionFen Bilimleri Enstitüsü, Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractSon yıllarda filogenetik analizlerde retrotranspozon moleküler markörler etkili bir biçimde kullanılmaktadır. Bu çalışmada yerli ve yabancı orijinli 179 pamuk genotipi LTR retrotranspozonlara dayalı inter-Primer Binding Site (iPBS) markör tekniği ile genetik çeşitliliğini değerlendirmek için analiz edilmiştir. İlk olarak polimorfizmleri belirlemek için 32 iPBS primeri kullanılarak 8 genotip taranmıştır. Çalışmanın devamında bu primerler arasından 7 tanesi ürettiği polimorfik bantlar nedeniyle seçilmiştir. Çalışmada kullanılan 7 iPBS primeri toplam 133 skorlanabilir bant oluşturdu ve elde edilen 133 banttan 128'i polimorfizm gösterdi. Ortalama polimorfik bant sayısı primer başına 18.28 olup, 16 ile 21 arasında değerler almıştır. 179 genotipin genetik çeşitliliği ve moleküler karakterizasyonunun belirlenmesi için kullanılan 7 iPBS retrotranspozon primerinin ortalama polimorfizm oranı %96.28 olarak hesaplanmıştır. Polimorfizm bilgi içeriği (PIC) değeri ise 0.31 ile 0.46 arasında değişmektedir. Bu sonuçlar ışığında, Türkiye ve yabancı orijinli pamuk genotiplerinin çeşitlilik açısından, zengin bir genetik kaynağa sahip oldukları belirlenmiştir. Anahtar Sözcükler: Pamuk (Gossypium hirsutum L.), moleküler markörler, moleküler karakterizasyon,filogenetik analiz, retrotranspozonlar, iPBS
dc.description.abstractIn recent years, retrotransposon molecular markers have been used effectively in phylogenetic analysis. In this study, 179 cotton genotypes of domestic and foreign origin were analyzed to evaluate their genetic diversity with the inter-Primer Binding Site (iPBS) marker technique based on LTR retrotransposons. First, 8 genotypes were screened by using 32 iPBS primers to identify polymorphisms. In the continuation of the study, 7 of these primers were selected because of the polymorphic bands they produced. The 7 iPBS primers that used in the study created total of 133 scoreable bands, and 128 of the 133 bands showed polymorphism. The mean of polymorphic bands was 18.28 per primer, with values between 16 and 21. The mean of polymorphism rate of 7 iPBS retrotransposon primers that used to determine genetic diversity and molecular characterization of 179 genotypes was calculated as 96.28%. The polymorphism information content (PIC) value varies between 0.31 and 0.46. In the dendrogram, the populations were divided into three main groups. In the light of these results, it has been determined that Turkish and foreign origin cotton genoypes have a rich genetic resource in terms of diversity. Keywords: Cotton (Gossypium hirsutum L.), molecular markers, molecular characterization, phylogenetic analysis, retrotransposons, iPBS
dc.identifier.endpage87
dc.identifier.startpage1
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=5XiSE4yCP_gmnukpMEp65RzhBYUc9_zoOfbH40Fy0RcastGki5Gx49b9jGI0soP3
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11480/9756
dc.identifier.yoktezid716193
dc.language.isoen
dc.publisherNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_2024
dc.subjectBiyoteknoloji
dc.subjectBiotechnology
dc.titleEvaluation of genetic diversity of cotton genotypes (Gossypium hirsutum L.) using iPBS marker system
dc.title.alternativeiPBS markör sistemi kullanılarak pamuk genotiplerinin (Gossypium hirsutum L.) genetik çeşitliliğinin değerlendirilmesi
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu