Molecular screening of verticillium wilt resistance in upland cotton using SSR markers

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorElçi, Eminur
dc.contributor.authorSaeed, Amma
dc.date.accessioned2019-10-21T12:06:27Z
dc.date.available2019-10-21T12:06:27Z
dc.date.issued2017
dc.date.submitted2017-07
dc.departmentNiğde ÖHÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Bitkisel Üretim ve Teknolojileri Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractVerticillium solgunluğu (VS) hastalığı, dünya çapında pamuk üretim alanlarında ciddi bir problem olarak kabul edilmekte olup önemli ürün kalite ve verim kayıplarına neden olmaktadır. Bu çalışmada, Türkiye’deki bazı Upland pamuk çeşitlerinin Basit dizi tekrarları (SSR) markörleri ile taranması amaçlanmıştır. Bu amaçla, farklı araştırma enstitülerinden 50 adet pamuk genotipi toplanmış ve markörler ile taranmıştır. Genomik DNA ekstrakte edilmiş ve SSR markörlerin çoğaltılması için polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) analizleri yapılmıştır. Moleküler veri analizi için SSR markörlerin polimorfizm bilgi içeriği (PBİ) değerleri hesaplanmıştır. PBİ değerleri, DPL0022 ve DPL752 markörlerinin en iyi markörler olduğunu ortaya koymuştur. Testlenen markörler arasında VS’ya dayanıklılığı kontrol eden kantitatif karakter lokuslarına (QTL) bağlantılı olduğu tespit edilmiş JESPR65, GH215 ve DPL0022 markörlerinin PBİ yüksek olduğu ve marköre dayalı seleksiyon çalışmaları için umut verici oldukları belirlenmiştir. Ayrıca, analiz edilen elyaf kalite markörleri arasında CIR381, CIR246 ve DPL405 oldukça polimorfik bulunmuştur. Kümelenme analizleri sonuçlarına göre, dayanıklı çeşit olarak bilinen Julia ve N-87 çeşitleri, diğer tüm çeşitlerden belirgin olarak ayrılmış ve birbirleriyle yakından ilişkili olduğu bulunmuştur. Belirlenen bu çeşitlerin ileri ıslah çalışmalarında kullanılabileceği düşünülmektedir. Mevcut çalışmanın sonuçları, VS hastalığına dayanıklı pamuk çeşitlerinin ıslahında marköre dayalı seleksiyon stratejilerinin geliştirilmesine yardımcı olacaktır.
dc.description.abstractVerticillium wilt (VW) is one of the major factors resulting in huge cotton yield losses. The hiking problem of VW in cotton incurs heavy economic losses around the world as well as in Turkey. The objective of the current study was to screen upland cotton cultivars by simple sequence repeats (SSR) markers in Turkey. Fifty different cultivars collected from various research institutes were screened in the current study. Genomic DNA was extracted and polymerase chain reaction (PCR) was conducted to amplify the SSR markers. For the molecular data analysis, polymorphism information content (PIC) values of molecular markers were calculated. PIC values revealed that DPL0022, and DPL752 were the most informative markers. Among the tested markers that are linked to QTL for VW resistance, only the markers JESPR65, GH215 and DPL0022 were found to be very informative and promising for MAS studies. Moreover, among the analyzed fiber quality markers, CIR381, CIR246 and DPL405 were found to be very polymorphic. Based on the cluster analysis, cultivars Julia and N-87, which are known as resistance cultivars, were distinctly separated from all the cultivars and closely related with each other. The identified cultivars can be used in the further breeding programs. The current study will be helpful for the development of marker-assisted strategies for breeding of VW resistant cotton cultivars.
dc.identifier.citationSaeed, A. (2017). Molecular screening of verticillium wilt resistance in upland cotton using SSR markers. (Yüksek lisans tezi) Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11480/6728
dc.identifier.yoktezid474266
dc.institutionauthorSaeed, Amma
dc.language.isoen
dc.publisherNiğde Ömer Halisdemir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectGossypium Hirsutum
dc.subjectMarkör Destekli Seçim
dc.subjectGenetik Çeşitliliği
dc.subjectGossypium Hirsutum
dc.subjectQuantitative Trait
dc.subjectMarker- Assisted- Selection
dc.subjectGenetic Diversity
dc.titleMolecular screening of verticillium wilt resistance in upland cotton using SSR markers
dc.title.alternativeVerticillium solgunluğu hastalığına dayanıklı pamuk genotiplerinin SSR markörleri ile moleküler tespiti
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Molecular screening of verticillium wilt resistance in upland cotton using SSR markers.pdf
Boyut:
3.16 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu