Asma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.authorEminur Elçi
dc.contributor.authorMona Gazel
dc.contributor.authorKadriye Çağlayan
dc.date.accessioned2019-08-01T13:38:39Z
dc.date.available2019-08-01T13:38:39Z
dc.date.issued2017
dc.departmentNiğde ÖHÜ
dc.description.abstractAsma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-associated virus 1) (GLRaV-1) en eski olanıdır. Bağlarda önemli verim kayıplarına neden olan bu virüs, özellikle yapraklarda kıvrılma simptomu ile tanımlanır. Nar bitkisi, ekonomik değeri yüksek bitkiler arasında yer almakta olup henüz az sayıda virüs hastalıkları tanımlanmış ancak son yıllarda yürütülen çalışmalarda bu bitkinin de GLRaV-1'in konukçusu olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, bağ ve narlardan elde edilen GLRaV-1 izolatlarının genomik olarak kıyaslanmasıdır. Bu amaçla, 2014 yılında Hatay ve Niğde illerinden toplanan asma ve nar örneklerinden total RNA ve dsRNA izolasyonları yapılmış, virüs genomuna özgü 2 farklı bölgenin (hareket (movement) proteini (p24) ve ısı şok (heatshock) proteinini (HSP70h) çoğaltan primerler kullanılarak RT-PCR ile analizleri yapılmış elde edilen ürünler klonlanmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Ayrıca Closterovirüs'ün HSP70h genine özgü dejenere primer kullanılarak DOP-PCR analizleri yapılmıştır. DNA dizi analizlerinin sonunda elde edilen kısmi genomun, BLAST analizleri yapıldıktan sonra filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışma sonunda, yeni bir konukçu olduğu düşünülen nardan izole edilen GLRaV-1 izolatlarının asma izolatları ile kıyaslamalı olarak analiz edilmesi sağlanmış ve izolatlar arası yüksek oranda benzerlik olduğu tespit edilmiştir.
dc.description.abstractAsma yaprak kıvırcıklık (grapevine leafroll) hastalığı geçmişten bu yana bağ virüs hastalıkları içerisinde ekonomik önem derecesi yüksek olan dünya çapında yayılım gösteren bir hastalıktır. Closterovirus cinsine ait virüs üyeleri içerisinde, Asma yaprak kıvırcıklık virüsü 1 (Grapevine leafroll-associated virus 1) (GLRaV-1) en eski olanıdır. Bağlarda önemli verim kayıplarına neden olan bu virüs, özellikle yapraklarda kıvrılma simptomu ile tanımlanır. Nar bitkisi, ekonomik değeri yüksek bitkiler arasında yer almakta olup henüz az sayıda virüs hastalıkları tanımlanmış ancak son yıllarda yürütülen çalışmalarda bu bitkinin de GLRaV-1’in konukçusu olabileceği bildirilmiştir. Bu çalışmanın amacı, bağ ve narlardan elde edilen GLRaV-1 izolatlarının genomik olarak kıyaslanmasıdır. Bu amaçla, 2014 yılında Hatay ve Niğde illerinden toplanan asma ve nar örneklerinden total RNA ve dsRNA izolasyonları yapılmış, virüs genomuna özgü 2 farklı bölgenin (hareket (movement) proteini (p24) ve ısı şok (heatshock) proteinini (HSP70h) çoğaltan primerler kullanılarak RT-PCR ile analizleri yapılmış elde edilen ürünler klonlanmış ve sekans analizleri yapılmıştır. Ayrıca Closterovirüs’ün HSP70h genine özgü dejenere primer kullanılarak DOP-PCR analizleri yapılmıştır. DNA dizi analizlerinin sonunda elde edilen kısmi genomun, BLAST analizleri yapıldıktan sonra filogenetik analizleri yapılmıştır. Bu çalışma sonunda, yeni bir konukçu olduğu düşünülen nardan izole edilen GLRaV-1 izolatlarının asma izolatları ile kıyaslamalı olarak analiz edilmesi sağlanmış ve izolatlar arası yüksek oranda benzerlik olduğu tespit edilmiştir.
dc.identifier.endpage1141
dc.identifier.issn2148-127X
dc.identifier.issue10
dc.identifier.startpage1136
dc.identifier.trdizinid276518
dc.identifier.urihttps://app.trdizin.gov.tr/makale/TWpjMk5URTRPQT09
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11480/3394
dc.identifier.volume5
dc.indekslendigikaynakTR-Dizin
dc.institutionauthor[0-Belirlenecek]
dc.language.isotr
dc.relation.ispartofTürk Tarım - Gıda Bilim ve Teknoloji dergisi
dc.relation.publicationcategoryMakale - Ulusal Hakemli Dergi - Kurum Öğretim Elemanı
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectGıda Bilimi ve Teknolojisi
dc.subjectZiraat
dc.subjectOrtak Disiplinler
dc.titleAsma ve Narlardan İzole Edilen Grapevine leafroll-associated virus-1 İzolatlarının Kısmi Sekanslarının Karşılaştırmalı Genomik Analizleri
dc.title.alternativeComparative Genomic Analysis of Partial Grapevine Leafroll-Associated Virus-1 Sequences Isolated from Pomegranate and Grapevines
dc.typeArticle

Dosyalar

Koleksiyon

TR-Dizin İndeksli Yayınlar Koleksiyonu