Yazar "Gökçe, Zahide Neslihan Öztürk" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 5 / 5
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Düşük Akrilamid Potansiyeline Sahip Patates Genotiplerinin Tanımlanması İçin Özgün Tarama Araçlarının Geliştirilmesi(2020) Çalışkan, Mehmet Emin; Demirel, Ufuk; Çalışkan, Sevgi; Gökçe, Zahide Neslihan Öztürk; Bakhsh, AllahBu proje sanayilik patates ıslahında seleksiyon aracı olarak kullanılabilecek özgün tarama araçlarının gelistirilmesi amacıyla Türkiye ve Almanya'dan birer arastırma ve sanayi kurulusunun katılımıyla 2017-2019 yılları arasında yürütülmüstür. Projede Türk ve Alman ıslah programlarından gelen 90'ar adet ıslah hattı ile iki ülkede yetistirilen 20 adet tescilli çesit olmak üzere toplam 200 genotipten olusan deneme popülasyonu Türkiye'de iki (Konya ve Hatay), Almanya'da iki (Stormstorf ve Mehringen veya Zarnewanz) lokasyonda iki yıl denemeye alınmıstır. Denemelerde verim ve bazı verim unsurları yanında yumru özgül agırlıgı, kuru madde oranı, nisasta oranı, indirgen seker oranı gibi yumrunun sanayilik kalite özellikleri belirlenmistir. Popülasyon içinden seçilen 192 genotipte 21K SolCap dizini kullanılarak SNP analizleri yapılmıs ve kalite özellikleri ile iliskili SNP'ler belirlenmistir. Tarla denemeleri sonucunda incelenen tüm özellikler açısından genotipler arasında önemli farklılıkların oldugu tespit edilmistir. Tüm çevreler içerisinde en yüksek ortalama yumru verimi (8.2 t/da) 2017 yılında Almanya'nın Mehringen sehrinde yapılan denemede elde edilirken aynı yıl Almanya'nın Stromstorf lokasyonunda yapılan deneme en yüksek ikinci verim degerini (6.4 t/da) vermistir. Türkiye'de Konya lokasyonunda Hatay'a göre daha yüksek verim elde edilirken, Konya'da kısıtlı sulamaya baglı olarak 2017 yılında %39, 2018 yılında ise %42 düzeyinde verim azalması görülmüstür. Iliskilendirme haritalaması sonucunda özgül agırlıkla iliskili 6, kuru madde oranıyla iliskili 12, nisasta oranıyla iliskili 6 ve indirgen seker içerigiyle iliskili 61 adet SNP markörü tespit edilmistir. Özgül agırlık, kuru madde oranı ve nisasta oranı karakterleri ile iliskili 6 tane ortak SNP belirlenmistir. Böylece, dört farklı sanayilik kalite karakteriyle iliskili toplam 73 SNP markörü belirlenmistir. Incelenen karakterlerle önemli düzeyde iliskili oldugu bulunan SNP?lerin yer aldıgı 55 farklı gen tespit edilmistir. Bunlardan sakkaroz sentaz geninin incelenen tüm kalite özellikleri ile önemli düzeyde baglantılı olması nedeniyle bu genin ve genle baglantılı PotVar0031068, solcap_snp_c1_8574 ve solcap_snp_c2_27764 SNP markörlerinin patates genotiplerinin sanayilik kalite özelliklerini belirlemek için güçlü bir aday seleksiyon markörü niteliginde oldugu belirlenmistir.Öğe Impact of Biotic and Abiotic Stresses on Onion Production: Potential Mitigation Approaches in Modern Era(Springer Nature, 2023) Chaudhry, Usman Khalid; Junaid, Muhammad Daniyal; Gökçe, Zahide Neslihan Öztürk; Gökçe, Ali FuatOnion is one of the most commonly consumed vegetable crops in the world, following tomato. Biotic and abiotic stresses are known to affect onion production, causing significant yield losses, similar to other vegetables and main crops. It is estimated that about 40% of overall losses in agricultural production is related to insects, pests, and weeds. Likewise, environmental fluctuation and climate change are threatening the production rate of onion. Strangely, in the era of omics approach to understand plants’ responses to environmental changes, there is limited literature regarding onion response to biotic and abiotic stresses. This chapter enlightens the impacts of biotic and abiotic stresses with the potential exploitation of modern plant improvement techniques. © The Editor(s) (if applicable) and The Author(s), under exclusive license to Springer Nature Singapore Pte Ltd. 2023.Öğe Patateste Kuraklığa Toleranslı Çeşit Islah Programının Başlatılması ve Aday Moleküler Seleksiyon Markörlerinin Belirlenmesi(2019) Çalışkan, Mehmet Emin; Gökçe, Zahide Neslihan Öztürk; Demirel, Ufuk; Şen, Burak; Nam, Murat; Çalışkan, SevgiBu proje farklı ıslah programlarında gelistirilen patates genotiplerin Orta Anadolu kosullarında kuraklıga tolerans düzeylerinin belirlenmesi, patateste kuraklıga toleranslı yerli çesitlerin gelistirilmesi amacıyla yeni bir ıslah programının baslatılması ve genom-boyu iliskilendirme yaklasımıyla kuraklıga toleranslı ıslah hatlarının seçiminde kullanılabilecek güvenilir seleksiyon markörlerinin belirlenmesi amacıyla 2015-2019 yılları arasında yürütülmüstür. Proje kapsamında Türkiye'de ilk defa patateste kuraklık stresine toleranslı çesit ıslah programı baslatılmıs, 2015-2018 yılları arasında toplam 283 melez ailesinden 114.305 adet melez patates tohumu elde edilmistir. Toplam 180 melez ailesinden 41.917 adet tohum ilk yumru üretimi amacıyla seraya ekilmis ve tarla seleksiyonlarına baslamak üzere toplam 25.516 adet hat seçilmistir. Bu hatlarla baslatılan erken jenerasyon tarla seleksiyonları sonunda ilk tarla seleksiyonu tamamlanan 844 adet, ikinci tarla seleksiyonu tamamlanan 168 adet, üçüncü tarla seleksiyonu tamamlanan 32 adet, dördüncü tarla seleksiyonu tamamlanan 10 adet olmak üzere farklı kademelerde toplam 1054 ıslah hattı gelistirilmistir. Tam ve kısıtlı sulama (~%40)kosullarında 266 patates genotipinin fenotiplenmesi amacıyla Nigde'de üç yıl (2016-2018), Konya'da iki yıl (2016 ve 2017) tarla denemeleri kurulmus, denenen genotiplerin büyüme, verim ve kalite özellikleri açısından kuraklık stresine tepkileri belirlenmistir. Patateste bitki basına yumru sayısı, yumru verimi, yaprak yesil renk derecesi (SPAD degeri) ve bitki kanopi sıcaklıgının kuraklık toleransı yüksek genotiplerin seçiminde kullanılabilecek kriterler oldugu belirlenmistir. Fenotipleme yapılan genotiplerden 240 tanesinde SolCap 12K SNP dizini kullanılarak kullanılarak genotipleme yapılmıs, incelenen özelliklerle iliskili toplam 419 SNP markörü belirlenmistir. Bunlardan seçilen 16 SNP kullanılarak 16 KASP markörü tasarlanmıs ve bu KASP markörleri kuraklıga tepkisi farklı 50 genotipten olusan baska bir popülasyonda test edilmistir. Bu testler sonucunda kurak kosullarda yüksek verimli patates genotiplerini belirleyebilecek 8 adet KASP markörü gelistirilmistir. Proje sonucunda patateste kısıtlı sulamanın önemli verim azalmasına neden oldugu ancak uygun ebeveynler kullanılarak toleranslı çesitlerin gelistirilebilecegi, bu amaçla yapılacak ıslah çalısmaları için moleküler markörlerin kullanma potansiyelinin oldugu belirlenmis ve patates üretiminin sürdürülebilirligi için bu yöndeki çalısmalara devam edilmesi gerektigi sonucuna varılmıstır.Öğe Production Of Insect Resistant Transplastomic Potato Lines Against Colorado Potato Beetle And Potato Tuber Moth(2020) Bakhsh, Allah; Gökçe, Zahide Neslihan Öztürk; Aksoy, EmreBöcek zararlıları ve hastalıkları patates üretiminde önemli kayıplara neden olmaktadır. Patates bitkisini önemli zararlılarından olan, Colorado patates böcegi (Leptinotarsa decemlineata) ve Patates yumru güvesinin (Phthorimaea operculella) ekonomik zararların % 85'e kadar çıktıgı bildirilmistir. Bugüne kadar, bu yıkıcı ve yaygın böcek zararlılarının kontrol önlemleri esas olarak böcek zararlılarında artan pestisit direnci ve çevre kirliligine neden olan kimyasal yöntemlere dayanmaktadır Önceki arastırmalarda, transgenik yaklasımların mevcut sorunun bir dereceye kadar üstesinden gelmesi temelinde cry proteinleriyle bir çok basarılı denemeler yapılmıstı fakat zamanla, böcek zararlılarının muazzam adapte edilebilir islenebilirligi, böcek öldürücü genlerin mekansal ve anlık ifadeleri, transgenik Bt bitkilerinin hızlı ve yogun tarımı sebebiyle böcek zararlıları dayanıklılık gelistirmistir. Bu arastırma boslugunu hafifletmek için plastid transformasyonunun bilimsel topluluklar tarafından ideal bir çözüm yolu oldugu düsünülmektedir, çünkü bu yöntemin, yüksek protein ifade seviyesi, polisistronik mRNAlardan birçok proteini ifade etme imkanı, transgenlerin operonlarda istiflenmesi ve kararlı transgen ifadesine izin veren epigenetik müdahalenin olmaması ve en önemlisi polenle bulasmanın olmaması sayesinde gen sınırlama gibi bir çok avantajları bulunmaktadır. Bu arastırma çalısması, patates böcegi(CPB) ve patates yumru güvesi(PTM)ne karsı genis spektrumlu dayanıklılık saglaması için hibrit bir insektisal genin(SN19) ve tek bir cry3A geninin patates plastomuna genetik mühendisligi yöntemleri ile entegrasyonu üzerine kurumustur. Yapımızda homolog rekombinasyonu desteklemek için patates plastom sekansının trnA ve trnI bölgeleri sınır/yan sekans olarak kullanılırken, yesil yapraklı bölge içindeki hedef genin sınırlandırılmıs ifadesi için, dokuya özgü psbA promotörü kullanılmıstır. Ikili seleksiyon saglamak için FLARE-S(aadA ve gfp genlerinin füzyonu), prrn promotörü kontrolü altında seçilebilir marker olarak kullanılmıstır. Yapraklar ve intermodal segmentler için kloroplast transformasyon vektörü, biyolistik gen silahı yöntemiyle transforme edilmis ve 50 mg/l Spectinomycin seleksiyon aracı olarak kullanılmıstır. Calli indüksiyon yüzdesi% 71.66 ila 92 arasında degisirken, calli'deki GFP ekspresyon oranının mikroskobik olarak görsellestirilmesinin farklı çesitler arasında yüzde 93-95 oldugu tahmin edilmektedir. Santae çesitinde, en önemli sayıda Spektinomisine dirençli sürgün gözlemlenmis ve bunu Challenger çesiti (06,% 42.8) izlemistir. Santaee çesiti en yüksek oranda pozitif PCR sürgünlerini (6, 85 ve% 7) üretirken, Kuroda çesiti (66,% 6) sürgün üretmistir. Sonuç olarak, toplam 16 birincil transplastomik pozitif sürgünlerde PCR tayinli bitki, RT-qPCR kullanılarak hedef genlerin birikim seviyelerini göstermek için kullanılmıstır. Kararlı transplastomik patates hatlarına sahip olduktan sonra, CPB ve PTM'ye karsı böcek biyo-tahlili gerçeklestirerek transplastom hatlarımızı degerlendirmeyi amaçlamaktayız. Devam eden arastırmaların basarılı bir sekilde benimsenmesi sayesinde, çevre dostu uygulamalar saglayan kararlı böcek zararlılarına dirençli patates hatları sunabilecegiz. RT-qPCR birincil transplastomik sürgünlerde bu genlerin birikim seviyelerini gösterirken, standart moleküler analiz ilgilenilen genin patates plaztomuna uygun entegrasyonunu göstermistir. Kararlı transplastomik patates hatlarına sahip olduktan sonra, CPB ve PTM'ye karsı böcek biyo-analizi gerçeklestirerek transplastom hatlarımızı degerlendirmeyi amaçladık. Devam eden arastırmaların basarılı bir sekilde benimsenmesiyle, çevre dostu uygulamalar saglayan böcege zararlı dirençli patates hatları sunabilecegiz.Öğe Transcriptomics: Past and beyond(Nova Science Publishers, Inc., 2020) Gökçe, Zahide Neslihan ÖztürkPlants being immobile are prone to changes in their environment and respond to these changes by altering their growth and development in metabolical level. Understanding the changes of cellular metabolism is important with respect to plant science to be able to realize and alter the key factors in regulation. The road to investigate changes in gene expression of genes started in early 1970s with simpler, yet expensive and not very efficient techniques, such as Northern blotting. The development of second and third-generation DNA sequencing techniques enabled plant scientists to get data for complete gene expression profiling. Nowadays, looking to the big picture of what differs in cellular metabolism during growth or in response to external stimuli is extended to a new level with the development of single-cell RNA-sequencing methodology. Realization of specific regulatory mechanisms of metabolic activities and celltype/age-based responses to external stimuli will definitely escalate plant science. The aim of this chapter is to summarize the technological development in transcriptomics studies emphasizing their potential use. © 2020 Nova Science Publishers, Inc. All rights reserved.
