Yabani Soya Glycine Türlerinde Sentromerik Histon H3 Genlerinin Moleküler Klonlanması ve Biyoinformatik Analizi
Küçük Resim Yok
Tarih
2019
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Tüm ökaryotlarda yapısal ve islevsel olarak korunmus bulunan sentromer, kromozomun dogru bir sekilde dagılımında önemlidir. Ökaryot sentromerlerinde sentromere özgü histon H3 (CENH3) proteini islevsel özelligi saglamada önemli bir isaret olarak kabul edilmektedir. Birçok farklı organizma da ayrıntılı olarak tanımlanan CenH3 geninin türe özgünlügü, yüksek derecede degisken özellikleri ve farklı formları ön plana çıkmıstır. Türe özgü farklı formlarının bulunmasının sebebi amino asit dizilerinin N terminal ve C terminal bölgelerinde farklı oranlarda amino asit dizilerin konumlanmasından kaynaklıdır. Bu da organizmalar arasında özgünlügü olusturur. Bir takım arastırmalar sonucunda elde edilen veriler, bu farklılıgın altında yatan sebeplerin seleksiyon baskısından kaynaklandıgına isaret etmektedir. CenH3?nin sentromer üzerindeki önemi düsünüldügünde, kültüre alınmıs ve yabani Glycine soya türlerinin CenH3 geninin moleküler yapısının ayrıntılı olarak incelenmeye ihtiyacı vardır. Bu çalısmada soya ve yabani soya türlerinde total RNA izolasyonu, ters transkiptaz yardımıyla cDNA sentezi, gene özel primerlerle genin çogaltılması, DNA fragmentlerinin klonlanması ve dizilemesi yapılmıstır. CENH3 protein dizi bilgisinin biyoinformatik yöntemlerle karsılastırmalı analizi yapılarak türlerarası amino asit benzerlik ve farklılıkları tespit edilmistir. Analiz sonucu CENH3a ve CENH3b olarak adlandırılan 2 farklı temel form tespit edilmistir. Iki formun çoklu nükleotid ve protein hizalaması sonucu benzerlik oranı %95-%92.7 olarak tespit edilmistir. Biyoinformatik analizler sonucunda CENH3a formu CENH3b formuna kıyasla daha fazla pozitif seleksiyon göstermistir. Çalısmamız yabani soya türlerinde CenH3 geninin tespit edilmesine yönelik yapılan ilk kapsamlı çalısma olması nedeniyle diger ökaryotik türlerdeki sentromer çalısmalarına katkı saglayacagı düsünülmektedir. Tarımsal önemi olan bitkilerde yüksek oranda homozigot olan ebeveynlerin elde edilmesi önemli bir ıslah hedefidir. Bu hedefe ulasmada bitki türlerine özgü bazı haploid üretim yöntemleri mevcuttur. Son yıllarda sentromer modifikasyonu ile de haploid bitkilerin üretilebilecegine dair bazı modern yaklasımlar gelistirilmistir. Ileri teknolojiler kullanarak CenH3 geni üzerinden haploid soya ıslah hatlarının gelistirilmesi potansiyeli bulunmaktadır.
Açıklama
01.10.2019
Anahtar Kelimeler
Biyoloji, Genetik ve Kalıtım, Bitki Bilimleri, Zooloji, Haploid, ıslah, cenh3, soya, sentromerik histon h3
