Nannospalax Nehringi ve Nannospalax ehrenbergi (Rodentia, spalacidae) türlerinde PCR-RFLP ile mitokondriyal DNA D-loop ve sitokrom B bölgelerinin haplotip çeşitliliği
Yükleniyor...
Tarih
2012
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Niğde Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
RFLP metodu kullanılarak mt-DNA D-loop ve sitokrom b bölgelerindeki genetik farklılıklar Nannospalax xanthodon ve Nannospalax ehrenbergi türleri arasında belirlendi. Anadolu'da yaşayan iki tür için Nannospalax xanthodon (62 populasyon) ve Nannospalax ehrenbergi (2 populasyon) toplam 94 örnek çalışıldı.Mitokondriyal DNA'da genetik farklılıkları belirlemek için, mt-DNA'nın iki bölgesi (790 bp uzunluğunda D-loop ve 500 bp uzunluğunda Cyt-b) izole edildi ve BamH-I, Taq-I, Alu-I and Msp-I restriksiyon endonükleaz enzimleri ile kesildi. BamH-I D-loop bölgesini kesmezken, Alu-I, Msp-I and Taq-I enzimleri bu bölgeyi pek çok örnekte sırasıyla 100-240-450 bp, 280-510bp, 170-620bp uzunluğunda bölgelerden kesti. Sitokrom b bölgesinde ise Bamh-I, Msp-I and Taq-I enzimleri bu bölgeyi pek çok örnekte sırasıyla 110-130-260bp, 200-300bp, 200-230-270-300bp uzunluğunda bölgelerden kesti. Filogenetik yapı Batı Anadolu'nun kromozomal formlarının Anadolu'daki diğer kromozomal formlardan farklı olduğunu gösterdi. Batı Anadolu formları ve diğer bölgelerdeki kromozomal formlar arasında genetik mesafe yüksek bulundu.
Genetic difference between the mt DNA D-loop and Cyt-b region was determined in the two species Nannospalax xanthodon and Nannospalax ehrenbergi using Pcr-RFLP method. 94 mole rat samples belonging to two species S. xanthodon (62 populations) and S. ehrenbergi (2 populations) distributed in Anatolia were studiedIn order to detect genetic differences in mtDNA, DNA was isolated two parts of 790 bp of D-loop and 500 bp of Cyt-b in mt DNA was amplified and cut with BamH-I, Taq-I, Alu-I and Msp-I restriction enzymes. BamH-I enzyme didn?t cut the D-loop region while Alu-I, Msp-I and Taq-I enzymes cut a lot of samples in 100-240-450 bp, 280-510bp, 170-620bp-length bands, respectively. In the amplified region for cyt-b region: Bamh-I, Msp-I and Taq-I enzymes cut a lot of samples in 110-130-260bp, 200-300bp, 200-230-270-300bp lenght bands, respectively.In our phylogenetic reconsruction show that the chromosome forms of Western Anatolia is different from all other chromosome forms of Anatolia. Genetic distance is found high between western forms and other chromosome forms.
Genetic difference between the mt DNA D-loop and Cyt-b region was determined in the two species Nannospalax xanthodon and Nannospalax ehrenbergi using Pcr-RFLP method. 94 mole rat samples belonging to two species S. xanthodon (62 populations) and S. ehrenbergi (2 populations) distributed in Anatolia were studiedIn order to detect genetic differences in mtDNA, DNA was isolated two parts of 790 bp of D-loop and 500 bp of Cyt-b in mt DNA was amplified and cut with BamH-I, Taq-I, Alu-I and Msp-I restriction enzymes. BamH-I enzyme didn?t cut the D-loop region while Alu-I, Msp-I and Taq-I enzymes cut a lot of samples in 100-240-450 bp, 280-510bp, 170-620bp-length bands, respectively. In the amplified region for cyt-b region: Bamh-I, Msp-I and Taq-I enzymes cut a lot of samples in 110-130-260bp, 200-300bp, 200-230-270-300bp lenght bands, respectively.In our phylogenetic reconsruction show that the chromosome forms of Western Anatolia is different from all other chromosome forms of Anatolia. Genetic distance is found high between western forms and other chromosome forms.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Nannospalax Xanthodon, Nannospalax Ehrenbergi, Sitotip, RFLP, Cytotype
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Gürpınar, C. (2012). Nannospalax Nehringi ve Nannospalax ehrenbergi (Rodentia, spalacidae) türlerinde PCR-RFLP ile mitokondriyal DNA D-loop ve sitokrom B bölgelerinin haplotip çeşitliliği. (Yüksek Lisans Tezi). Niğde Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde
