Comparison of drought stress response of potato varieties at the transcriptomic level
Yükleniyor...
Tarih
2017
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Niğde Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Solanum tuberosum L. is sensitive to drought mainly due to its fibrous root system. High temperature and drought episodes may cause yield decrease to almost 30%. Data on drought stress response of potato when compared to other crops, especially wheat, and model organisms, on the other hand is quite limited. There are a few works limited to microarrays that include only 12,000 potato cDNA clones. Therefore the aim of thesis is to differentiate physiological and transcriptomic changes in response to drought in tolerant and sensitive potato varieties. Physiological effects of drought stress were evaluated in two potato varieties and the changes in transcripts and metabolic pathways in response to drought stress were investigated via bioinformatics analysis of leaf transcriptome generated by next generation sequencing. Leaf transcriptomes were used to compare drought tolerant and sensitive potato varieties in response to water stress to identify metabolic differences between the varieties. Next generation sequencing approach was performed to identify leaf transcriptomes of drought stressed and control samples of both cultivars.
S.tuberosum L. esas olarak lifli kök sistemi nedeniyle kuraklığa duyarlıdır. Yüksek sıcaklık ve kuraklık dönemLeri verimin yakla?ık % 30 oranında dü?ürebilmektedir. Öte yandan patatesin kuraklık tepkimesi hakkında diğer bitkilerden, özellikle buğday ve model organzimalara kıyasladığımızda daha az bilgi bulunmaktadır. Yalnızca 12,000 patates cDNA klonu içeren mikrodizileme ile sınırlı sayıda çalı?ma vardır. Bu tezin amacı kuraklığa toleranslı ve kuraklığa hassas iki çe?it patates bitkisinde fizyolojik ve transkriptomdeki deği?ikliklerin kuraklık uygulamasının sonunda kuraklığa tepkimelerini kar?ıla?tırılmaktadır. Kuraklik stresinin fizyolojik etkileri iki patates çe?idinde değerlendirilmi? ve kuraklık stresine tepki olarak transkriptlerdeki ve metabolik yolaklardaki deği?iklikler yüksek verimLi dizileme ile elde edilen yaprak transkriptomunun biyoinformatik analizleri kullanarak ara?tırıldı. Kuraklığa toleranslı ve kuraklığa hassas iki patates çe?idinin yaprak transkriptomLarı kullanılarak metabolik farklılıklar belirlenmi? ve kar?ıla?tırılmı?tır. Kuraklık toleranslı ve hassas patates çe?itleri su eksikliğine maruz bırakılmı? ve fizyolojik ve transkriptomik düzeyde değerlendirilmi?tir. Her iki çe?itteki örneklerinin yaprak transkriptomLarını belirlemek için yeni nesil dizileme yakla?ımı uygulanmı?tır.
S.tuberosum L. esas olarak lifli kök sistemi nedeniyle kuraklığa duyarlıdır. Yüksek sıcaklık ve kuraklık dönemLeri verimin yakla?ık % 30 oranında dü?ürebilmektedir. Öte yandan patatesin kuraklık tepkimesi hakkında diğer bitkilerden, özellikle buğday ve model organzimalara kıyasladığımızda daha az bilgi bulunmaktadır. Yalnızca 12,000 patates cDNA klonu içeren mikrodizileme ile sınırlı sayıda çalı?ma vardır. Bu tezin amacı kuraklığa toleranslı ve kuraklığa hassas iki çe?it patates bitkisinde fizyolojik ve transkriptomdeki deği?ikliklerin kuraklık uygulamasının sonunda kuraklığa tepkimelerini kar?ıla?tırılmaktadır. Kuraklik stresinin fizyolojik etkileri iki patates çe?idinde değerlendirilmi? ve kuraklık stresine tepki olarak transkriptlerdeki ve metabolik yolaklardaki deği?iklikler yüksek verimLi dizileme ile elde edilen yaprak transkriptomunun biyoinformatik analizleri kullanarak ara?tırıldı. Kuraklığa toleranslı ve kuraklığa hassas iki patates çe?idinin yaprak transkriptomLarı kullanılarak metabolik farklılıklar belirlenmi? ve kar?ıla?tırılmı?tır. Kuraklık toleranslı ve hassas patates çe?itleri su eksikliğine maruz bırakılmı? ve fizyolojik ve transkriptomik düzeyde değerlendirilmi?tir. Her iki çe?itteki örneklerinin yaprak transkriptomLarını belirlemek için yeni nesil dizileme yakla?ımı uygulanmı?tır.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Drought, Potato, Transcriptomics, Next Generation Sequencing, Bioinformatics, Kuraklık, Patates, Transkriptomik, Yeni Nesil Dizileme, Biyoinformatik
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Azimi, M.H. (2017). Comparison of drought stress response of potato varieties at the transcriptomic level. (Yüksek Lisans Tezi). Niğde Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde
