Comparison of drought stress response of potato varieties at the transcriptomic level

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorÖztürk Gökçe, Zahide Neslihan
dc.contributor.authorAzimi, Mohammad Hussain
dc.date.accessioned2019-11-08T07:28:38Z
dc.date.available2019-11-08T07:28:38Z
dc.date.issued2017
dc.date.submitted2017-07
dc.departmentNiğde ÖHÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractSolanum tuberosum L. is sensitive to drought mainly due to its fibrous root system. High temperature and drought episodes may cause yield decrease to almost 30%. Data on drought stress response of potato when compared to other crops, especially wheat, and model organisms, on the other hand is quite limited. There are a few works limited to microarrays that include only 12,000 potato cDNA clones. Therefore the aim of thesis is to differentiate physiological and transcriptomic changes in response to drought in tolerant and sensitive potato varieties. Physiological effects of drought stress were evaluated in two potato varieties and the changes in transcripts and metabolic pathways in response to drought stress were investigated via bioinformatics analysis of leaf transcriptome generated by next generation sequencing. Leaf transcriptomes were used to compare drought tolerant and sensitive potato varieties in response to water stress to identify metabolic differences between the varieties. Next generation sequencing approach was performed to identify leaf transcriptomes of drought stressed and control samples of both cultivars.
dc.description.abstractS.tuberosum L. esas olarak lifli kök sistemi nedeniyle kuraklığa duyarlıdır. Yüksek sıcaklık ve kuraklık dönemLeri verimin yakla?ık % 30 oranında dü?ürebilmektedir. Öte yandan patatesin kuraklık tepkimesi hakkında diğer bitkilerden, özellikle buğday ve model organzimalara kıyasladığımızda daha az bilgi bulunmaktadır. Yalnızca 12,000 patates cDNA klonu içeren mikrodizileme ile sınırlı sayıda çalı?ma vardır. Bu tezin amacı kuraklığa toleranslı ve kuraklığa hassas iki çe?it patates bitkisinde fizyolojik ve transkriptomdeki deği?ikliklerin kuraklık uygulamasının sonunda kuraklığa tepkimelerini kar?ıla?tırılmaktadır. Kuraklik stresinin fizyolojik etkileri iki patates çe?idinde değerlendirilmi? ve kuraklık stresine tepki olarak transkriptlerdeki ve metabolik yolaklardaki deği?iklikler yüksek verimLi dizileme ile elde edilen yaprak transkriptomunun biyoinformatik analizleri kullanarak ara?tırıldı. Kuraklığa toleranslı ve kuraklığa hassas iki patates çe?idinin yaprak transkriptomLarı kullanılarak metabolik farklılıklar belirlenmi? ve kar?ıla?tırılmı?tır. Kuraklık toleranslı ve hassas patates çe?itleri su eksikliğine maruz bırakılmı? ve fizyolojik ve transkriptomik düzeyde değerlendirilmi?tir. Her iki çe?itteki örneklerinin yaprak transkriptomLarını belirlemek için yeni nesil dizileme yakla?ımı uygulanmı?tır.
dc.identifier.citationAzimi, M.H. (2017). Comparison of drought stress response of potato varieties at the transcriptomic level. (Yüksek Lisans Tezi). Niğde Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11480/7136
dc.identifier.yoktezid474237
dc.institutionauthorAzimi, Mohammad Hussain
dc.language.isoen
dc.publisherNiğde Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subjectDrought
dc.subjectPotato
dc.subjectTranscriptomics
dc.subjectNext Generation Sequencing
dc.subjectBioinformatics
dc.subjectKuraklık
dc.subjectPatates
dc.subjectTranskriptomik
dc.subjectYeni Nesil Dizileme
dc.subjectBiyoinformatik
dc.titleComparison of drought stress response of potato varieties at the transcriptomic level
dc.title.alternativeFarklı patates çeşitlerinin kuraklığa tepkilerinin transkriptom seviyesinde karşılaştırılması
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
Comparison of drought stress response of potato varieties at the transcriptomic level.pdf
Boyut:
4.51 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Tam Metin / Full Text
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu