Kırgızistan'ın Chui bölgesindeki Cucumber mosaic virüs'ün serolojik ve moleküler teşhisi ile karakterizasyonu
Yükleniyor...
Tarih
2018
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Kırgızistan’ın Chui bolgesindeki Cucurbitaceae ve Solanaceae kültür bitkilerinde zararlı Hıyar Mozayik Virüsü (Cucumber mosaic virus, CMV)’nün serolojik ve moleküler teşhisi yapılmıştır. Chui bölgesinin farklı ilçelerindeki tarlalardan toplanan hıyar, kabak, domates, biber, kavun ve patates bitkilerinden oluşan toplam 96 simptomlu bitki örneği, DAS-ELISA, dot-blot, Immunocapture (IC) RT-PCR, IC-real time PCR yöntemleri ile test edilmiştir. DAS-ELISA testine göre CMV infeksiyon oranı % 3,12 olarak saptanmıştır. IC-RT-PCR yöntemi ile analizler sonucu infeksiyon oranı % 6,25, IC-real time-PCR analizine göre infeksiyon oranı %100 olarak tespit edilmiştir. IC-RT-PCR yöntemi ile tespit edilen CMV enfekteli örnekler CMV ırk tayini için tip spesifik ELISA, tip spesifik PCR, RFLP ve kılıf protein dizileme yöntemleri ile analiz edilmiştir. Tespit edilen tüm CMV izolatlarının CMV altgrup IB olduğu belirlenmiştir. CMV’nin Solanacae ve Cucurbitace bitkilerde enfeksiyonu ve CMV-IB ırkı Kırgızistan için ilk kayıttır.
Serological and molecular diagnosis of the cucumber mosaic virus (CMV) was carried out in Cucurbitaceae and Solanaceae cultural plants in the Chui region of Kyrgyzstan. A total of 96 symptomatic plant samples including cucumber, squash, tomato, pepper, melon and potato collected from different areas of the Chui area were tested by DAS-ELISA, dot-blot, Immunocapture (IC) RT-PCR and IC-real-time PCR methods. According to the DAS-ELISA test, the CMV infection rate was 3.12%. IC-RT-PCR analysis showed that the final infection rate was 6.25% and the infection rate was 100% according to IC-real-time-PCR analysis. CMV infected samples detected by IC-RT-PCR were analyzed by type-specific ELISA, type-specific PCR, RFLP and coat protein sequencing methods for CMV strain identification. It was determined that all CMV isolates identified were CMV subgroup IB. Infection of CMV with Solanaceae and Cucurbitaceae plants and CMV-IB is the first record for Kyrgyzstan.
Serological and molecular diagnosis of the cucumber mosaic virus (CMV) was carried out in Cucurbitaceae and Solanaceae cultural plants in the Chui region of Kyrgyzstan. A total of 96 symptomatic plant samples including cucumber, squash, tomato, pepper, melon and potato collected from different areas of the Chui area were tested by DAS-ELISA, dot-blot, Immunocapture (IC) RT-PCR and IC-real-time PCR methods. According to the DAS-ELISA test, the CMV infection rate was 3.12%. IC-RT-PCR analysis showed that the final infection rate was 6.25% and the infection rate was 100% according to IC-real-time-PCR analysis. CMV infected samples detected by IC-RT-PCR were analyzed by type-specific ELISA, type-specific PCR, RFLP and coat protein sequencing methods for CMV strain identification. It was determined that all CMV isolates identified were CMV subgroup IB. Infection of CMV with Solanaceae and Cucurbitaceae plants and CMV-IB is the first record for Kyrgyzstan.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
CMV, ELISA, PCR, IC-RT-PCR, Real-Time PCR, Multipleks PCR, RFLP
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Mazenov, A. (2018). Kırgızistan'ın Chui bölgesindeki Cucumber mosaic virüs'ün serolojik ve moleküler teşhisi ile karakterizasyonu. (Yüksek Lisans Tezi) Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Niğde : , , , , , ,
