Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması
Yükleniyor...
Tarih
2019
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Tüm ökaryotlarda yapısal ve işlevsel olarak korunmuş bulunan sentromer, kromozomların doğru bir şekilde dağılımından sorumludur. Ökaryot sentromerlerinde sentromerik histon H3 (CENH3) proteini işlevsel özelliği sağlamada yapısal bir işaret olarak kabul edilmektedir. CENH3 proteininin sentromerler üzerindeki önemi düşünüldüğünde, farklı soya türlerinde CenH3 geninin homologlarının moleküler yapısının kapsamlı olarak incelenmesine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada soya ve yabani soya türlerinde total RNA izolasyonu, ters transkiptaz yardımıyla cDNA sentezi, gene özel primerlerle genin çoğaltılması, DNA fragmentlerinin klonlanması ve dizilemesi yapılmıştır. CENH3 protein dizi bilgisinin biyoinformatik yöntemlerle karşılaştırmalı analizi yapılarak türlerarası aminıasit benzerlik ve farklılıkları tespit edilmiştir. Analiz sonucu CENH3a ve CENH3b olarak adlandırılan 2 farklı form tespit edilmiştir. İki formun çoklu nükleotid ve protein hizalaması sonucu benzerlik oranı %95-%92.7 olarak tespit edilmiştir. Biyoinformatik analizler sonucunda CENH3a formu CENH3b formuna kıyasla daha fazla pozitif seleksiyon göstermiştir. Çalışmamız yabani soya türlerinde CenH3 geninin tespit edilmesine yönelik yapılan ilk kapsamlı çalışma olması nedeniyle diğer ökaryotik türlerdeki sentromer çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
The centromere is structurally and functionally conserved in all eukaryotes. It is responsible for the correct distribution of chromosomes. In eukaryotic centromere, centromeric histone H3 (CENH3) protein is considered a structural marker in providing functional property. Given the importance of CENH3 protein on centromers, a detailed analysis of the molecular structure of the homologues of the CenH3 gene in different soybean species is needed. In this study, total RNA isolation, cDNA synthesis by reverse transcriptase, PCR amplification of gene with specific primers, cloning and sequencing of DNA fragments were performed in soybean and wild soybean species. The comparative analysis of CENH3 protein sequence information by bioinformatics methods revealed similarities and differences between the species. Two different forms named CENH3a and CENH3b were determined. As a result of multiple nucleotide and protein alignment of the two forms, the similarity rate was found to be 95-92%. As a result of bioinformatic analysis, CENH3a form showed more positive selection than CENH3b form. Since our study is the first comprehensive study to detect CenH3 gene in wild soybean species, it is thought to contribute to centromere studies in other eukaryotic species
The centromere is structurally and functionally conserved in all eukaryotes. It is responsible for the correct distribution of chromosomes. In eukaryotic centromere, centromeric histone H3 (CENH3) protein is considered a structural marker in providing functional property. Given the importance of CENH3 protein on centromers, a detailed analysis of the molecular structure of the homologues of the CenH3 gene in different soybean species is needed. In this study, total RNA isolation, cDNA synthesis by reverse transcriptase, PCR amplification of gene with specific primers, cloning and sequencing of DNA fragments were performed in soybean and wild soybean species. The comparative analysis of CENH3 protein sequence information by bioinformatics methods revealed similarities and differences between the species. Two different forms named CENH3a and CENH3b were determined. As a result of multiple nucleotide and protein alignment of the two forms, the similarity rate was found to be 95-92%. As a result of bioinformatic analysis, CENH3a form showed more positive selection than CENH3b form. Since our study is the first comprehensive study to detect CenH3 gene in wild soybean species, it is thought to contribute to centromere studies in other eukaryotic species
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Glycine, Sentromerik Histon H3 (CenH3), Histon H3, Sentromer, cDNA, Centromere Spesific Histone H3 (CenH3), Histone H3, Centromere
Kaynak
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
Sayı
Künye
Yıldız, H. (2019). Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması. (Yüksek Lisans Tezi) Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Fen Bilimler Enstitüsü, Niğde ,
