Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması

Yıldız, Hümeyra

Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması

dc.contributor.advisor	Tek, Ahmet Latif
dc.contributor.author	Yıldız, Hümeyra
dc.date.accessioned	2019-10-30T12:52:54Z
dc.date.available	2019-10-30T12:52:54Z
dc.date.issued	2019
dc.date.submitted	2019-06
dc.department	Niğde ÖHÜ, Fen Bilimleri Enstitüsü, Tarımsal Genetik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
dc.description.abstract	Tüm ökaryotlarda yapısal ve işlevsel olarak korunmuş bulunan sentromer, kromozomların doğru bir şekilde dağılımından sorumludur. Ökaryot sentromerlerinde sentromerik histon H3 (CENH3) proteini işlevsel özelliği sağlamada yapısal bir işaret olarak kabul edilmektedir. CENH3 proteininin sentromerler üzerindeki önemi düşünüldüğünde, farklı soya türlerinde CenH3 geninin homologlarının moleküler yapısının kapsamlı olarak incelenmesine ihtiyaç vardır. Bu çalışmada soya ve yabani soya türlerinde total RNA izolasyonu, ters transkiptaz yardımıyla cDNA sentezi, gene özel primerlerle genin çoğaltılması, DNA fragmentlerinin klonlanması ve dizilemesi yapılmıştır. CENH3 protein dizi bilgisinin biyoinformatik yöntemlerle karşılaştırmalı analizi yapılarak türlerarası aminıasit benzerlik ve farklılıkları tespit edilmiştir. Analiz sonucu CENH3a ve CENH3b olarak adlandırılan 2 farklı form tespit edilmiştir. İki formun çoklu nükleotid ve protein hizalaması sonucu benzerlik oranı %95-%92.7 olarak tespit edilmiştir. Biyoinformatik analizler sonucunda CENH3a formu CENH3b formuna kıyasla daha fazla pozitif seleksiyon göstermiştir. Çalışmamız yabani soya türlerinde CenH3 geninin tespit edilmesine yönelik yapılan ilk kapsamlı çalışma olması nedeniyle diğer ökaryotik türlerdeki sentromer çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
dc.description.abstract	The centromere is structurally and functionally conserved in all eukaryotes. It is responsible for the correct distribution of chromosomes. In eukaryotic centromere, centromeric histone H3 (CENH3) protein is considered a structural marker in providing functional property. Given the importance of CENH3 protein on centromers, a detailed analysis of the molecular structure of the homologues of the CenH3 gene in different soybean species is needed. In this study, total RNA isolation, cDNA synthesis by reverse transcriptase, PCR amplification of gene with specific primers, cloning and sequencing of DNA fragments were performed in soybean and wild soybean species. The comparative analysis of CENH3 protein sequence information by bioinformatics methods revealed similarities and differences between the species. Two different forms named CENH3a and CENH3b were determined. As a result of multiple nucleotide and protein alignment of the two forms, the similarity rate was found to be 95-92%. As a result of bioinformatic analysis, CENH3a form showed more positive selection than CENH3b form. Since our study is the first comprehensive study to detect CenH3 gene in wild soybean species, it is thought to contribute to centromere studies in other eukaryotic species
dc.identifier.citation	Yıldız, H. (2019). Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması. (Yüksek Lisans Tezi) Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi, Fen Bilimler Enstitüsü, Niğde ,
dc.identifier.uri	https://hdl.handle.net/11480/6896
dc.identifier.yoktezid	548115
dc.institutionauthor	Yıldız, Hümeyra
dc.language.iso	tr
dc.publisher	Niğde Ömer Halisdemir Üniversitesi / Fen Bilimleri Enstitüsü
dc.relation.publicationcategory	Tez
dc.rights	info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.subject	Glycine
dc.subject	Sentromerik Histon H3 (CenH3)
dc.subject	Histon H3
dc.subject	Sentromer
dc.subject	cDNA
dc.subject	Centromere Spesific Histone H3 (CenH3)
dc.subject	Histone H3
dc.subject	Centromere
dc.title	Yabani soya türlerinde CenH3 geninin cDNA moleküler klonlanması
dc.title.alternative	cDNA molecular cloning of CenH3 gene in wild soybean species
dc.type	Master Thesis